Η έκπτωση που μπορεί να «πετύχει» ο φορολογούμενος, για κτίσματα με ζημιές που προκλήθηκαν από κατολίσθηση, σεισμό, πυρκαγιά, πλημμύρα, ανεμοστρόβιλο κ.λπ. και προκάλεσαν μερική έλλειψη στέγης ή άλλες ουσιώδεις βλάβες που τα καθιστούν μη λειτουργικά, αφορά στον υπολογισμό του συμπληρωματικού ΕΝ.Φ.Ι.Α., που επιβάλλεται σε κτίσματα και εντός σχεδίου εδαφικές εκτάσεις συνολικής αντικειμενικής αξίας άνω των 200.000 ευρώ. Η έκπτωση στην περίπτωση αυτή μπορεί να κατοχυρωθεί, μέσω της μείωσης της φορολογητέας αξίας των πληγέντων κτισμάτων.
Σε κάθε περίπτωση, η μείωση της φορολογητέας αξίας ενός πληγέντος κτίσματος επιτυγχάνεται, εφόσον το κτίσμα αυτό αναγραφεί στο Ε9 ως ημιτελές (κατηγορία ειδικών συνθηκών «99»), και υπό την προϋπόθεση να υπάρχει και το οικείο παραστατικό που να τεκμηριώνει την αλλαγή της κατάστασης του ακινήτου (βεβαίωση της αρμόδιας για κρίση υπηρεσίας). Η απάντηση αυτή δόθηκε από την Α.Α.Δ.Ε., μετά από σχετική ερώτηση που κατέθεσε ο βουλευτής κ. Ιωάννης Αντωνιάδης.
Κατά καιρούς πάντως έχουν θεσπιστεί περιορισμένης χρονικής ισχύος διατάξεις για απαλλαγές από τον ΕΝ.Φ.Ι.Α. κτισμάτων που βρίσκονται σε συγκεκριμένες περιοχές της χώρας οι οποίες επλήγησαν από σεισμούς ή άλλα ακραία φαινόμενα. Παράδειγμα αποτελεί η περίπτωση των κτισμάτων της Κεφαλονιάς που απηλλάγησαν για 2 χρόνια από τον κύριο ΕΝ.Φ.Ι.Α. λόγω του μεγάλου σεισμού που είχε πλήξει το νησί το 2015. Πρόσφατα, θεσπίστηκαν απαλλαγές από τον ΕΝ.Φ.Ι.Α., διάρκειας 2 ετών, και για τα κτίσματα που βρίσκονται σε Λέσβο και Κω και υπέστησαν ζημιές από τους ισχυρούς καταστροφικούς σεισμούς, οι οποίοι έπληξαν τα συγκεκριμένα νησιά.
