Ο Σερίφ Δαμάδογλου παύθηκε από τα καθήκοντά του, μετά την αμετάκλητη καταδίκη του για απλή συνέργεια σε υπόθεση απάτης σε βάρος των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων και στρεφόταν κατά του υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων.
Ειδικότερα, το 2013 καταδικάστηκε σε φυλάκιση 3 μηνών με τριετή αναστολή για απλή συνέργεια σε απάτη, κατ΄ εξακολούθηση, σε βάρος των Ευρωπαϊκών Κοινοτήτων. Η καταδικαστική αυτή απόφαση έγινε αμετάκλητη με απόφαση του Αρείου Πάγου. Σύμφωνα με την κατηγορία, ο Σερίφ Δαμάδογλου Μεμέτ αν και γνώριζε το ψευδές περιεχόμενο δηλώσεων που υπέβαλε ο αδερφός του Σεριάτ Σερίφ Δαμάδογλου για να εισπράξει κοινοτικές επιδοτήσεις από καλλιέργειες, εν τούτοις συναίνεσε σιωπηρώς και δεν εναντιώθηκε στην υποβολή τους. Για την ίδια υπόθεση έχει καταδικαστεί και ο αδερφός του, ενώ τελικά η επίμαχη επιδότηση δεν καταβλήθηκε.
Η Ολομέλεια του ΣτΕ, με πρόεδρο το Νικόλαο Σακελλαρίου και εισηγητή τον σύμβουλο Επικρατείας Δημήτριο Μακρή, με την υπ΄ αριθμ. 869/2018 απόφασή της απέρριψε την αίτησή του κρίνοντας ότι είναι συνταγματική και νόμιμη η απομάκρυνσή του.
Στην δικαστική απόφαση αναφέρεται ότι ο Μουφτής ή ο τοποτηρητής Μουφτείας παύονται από τα καθήκοντά τους (διοικητικό μέτρο), σε περίπτωση αμετάκλητης καταδίκης που αποτελεί παράλληλα και κώλυμα διορισμού τους για τις θέσεις αυτές.
Σύμφωνα με τη Ολομέλεια του ΣτΕ «ο νομοθέτης δεν ανέχεται την άσκηση καθηκόντων από τον Μουφτή ή τον τοποτηρητή Μουφτείας από πρόσωπα που θεωρεί ότι λόγω της αμετάκλητης καταδίκης τους για συγκεκριμένα ποινικά αδικήματα, δεν διαθέτουν την απαιτούμενη ηθική υπόσταση και το απαιτούμενο κύρος και δεν μπορούν να εμπνεύσουν εμπιστοσύνη στο πρόσωπό τους για την άσκηση των προβλεπόμενων από τον νόμο καθηκόντων τους, που περιλαμβάνουν μάλιστα πλην των θρησκευτικών και δικαιοδοτικά καθήκοντα ως προς ορισμένες κατηγορίες οικογενειακού και κληρονομικού δικαίου των Ελλήνων μουσουλμάνων της περιφέρειάς τους ».
Η ρύθμιση αυτή, σύμφωνα με τους συμβούλους Επικρατείας, «αποσκοπεί στην ομαλή και εύρυθμη λειτουργία των Μουφτείων ως δημοσίων υπηρεσιών, με την άσκηση των καθηκόντων από πρόσωπα που διαθέτουν τα κατάλληλα ηθικά προσόντα και συνάπτεται άμεσα με το αντικείμενο και τον χαρακτήρα του σχετικού δημοσίου λειτουργήματος τους».
Να σημειωθεί την 12 Μάιου 2017 είχε απορριφθεί από το Συμβούλιο Χαρίτων η αίτηση απονομής χάριτος του Σερίφ Δαμάδογλου Μεμέτ που είχε υποβάλλει στο υπουργείο Δικαιοσύνης. Στην απόφαση του ΣτΕ αναφέρεται ότι η υποβολή αίτησης χάριτος δεν ανατρέπει τις νομικές και πραγματικές προϋποθέσεις της λήψεως του διοικητικού μέτρου της παύσης από τη θέση του τοποτηρητή της Μουφτείας, ενώ η αίτηση αυτή που υπέβαλε είναι «άμοιρη νομικής σημασίας».
