Σύμφωνα με εγκύκλιο που στάλθηκε στα σχολεία , οποιοσδήποτε μαθητής μπορεί να πάρει απαλλαγή από το μάθημα των Θρησκευτικών, αρκεί να δηλώσει ότι τη ζητεί για λόγους θρησκευτικής συνείδησης και καταθέσει την αίτηση κατά την πρώτη εβδομάδα της σχολικής χρονιάς, με επικυρωμένη υπογραφή και των δύο γονέων.
Η ρύθμιση ήρθε να διορθώσει μια σειρά παλινωδιών που είχαν προκύψει από την έκδοση τριών αλλεπάλληλων οδηγιών ήδη από το 2008, οι οποίες καθιστούσαν υποχρεωτικό το μάθημα για κάθε παιδί που επισήμως εθεωρείτο ορθόδοξο, ενώ ανάγκαζε όσους δεν ήταν να το δηλώσουν, προκειμένου να εξαιρεθούν.
Το γεγονός είχε προκαλέσει την αντίδραση του Συνήγορου του Πολίτη, αφού έφταναν σε αυτόν καταγγελίες για διευθυντές σχολείων, οι οποίοι ζητούσαν ρητή δήλωση σχετικά με το θρήσκευμα γονιών και παιδιών. Ο Συνήγορος θεώρησε πως ο ομολογιακός (κατηχητικός) χαρακτήρας του μαθήματος είναι που επιτάσσει την απλή απαλλαγή χωρίς να χρειάζεται να δηλωθεί ο λόγος της απαλλαγής, αφού αυτό θα παραβίαζε τα ατομικά δικαιώματα των μαθητών και των γονιών τους.
Το μάθημα, όμως, είναι ταυτόχρονα και υποχρεωτικό, με αποτέλεσμα να δημιουργείται ένα άλλο πρόβλημα, αυτό της ομαλής λειτουργίας του σχολικού προγράμματος. Εδώ και χρόνια έχει παρατηρηθεί, οι μαθητές Γ΄ Λυκείου να ζητούν απαλλαγή στη μέση της χρονιάς προκειμένου να μην έχουν άλλο ένα μάθημα στο κεφάλι τους, δεδομένης της πίεσης των εξετάσεων. Το υπουργείο βρήκε τελικά τη χρυσή τομή με την παραπάνω εγκύκλιο, όμως έτσι ουσιαστικά κατέστησε υποχρεωτικό το μάθημα εκ νέου.
