Σύμφωνα με τις διευκρινίσεις που έδωσε η υφυπουργός στην έγγραφη απάντησή της προς τους βουλευτές:
1) Για τα εισοδήματα (κέρδη) από αγροτικές επιχειρηματικές δραστηριότητες τα οποία αποκτώνται από την 1/1/2016 και μετά, η αυτοτελής φορολόγηση με συντελεστή 13% καταργήθηκε. Με τη διάταξη της παραγράφου 6 του άρθρου 112 του ν. 4387/2016 προβλέπεται πλέον ότι τα εισοδήματα (τα κέρδη) από αγροτικές επιχειρηματικές δραστηριότητες φορολογούνται αυτοτελώς με βάση φορολογική κλίμακα στην οποία ισχύουν συντελεστές φόρου 22% για τα πρώτα 20.000 ευρώ του ετησίου εισοδήματος, 29% για τα επόμενα 10.000 ευρώ, 37% για τα επόμενα 10.000 ευρώ και 45% για το υπερβάλλον τμήμα εισοδήματος.
2) Τα εισοδήματα από αγροτικές επιχειρηματικές δραστηριότητες δεν θα αθροίζονται με τυχόν εισοδήματα από άλλες επιχειρηματικές δραστηριότητες και από μισθούς και συντάξεις. Αυτό σημαίνει ότι εάν κάποιος φορολογούμενος έχει εισοδήματα από επιχειρηματικές δραστηριότητες (ως έμπορος ή ελεύθερος επαγγελματίας) και από μισθωτή εργασία και συντάξεις, τα οποία φορολογούνται αθροιστικά, με την προαναφερθείσα κλίμακα, και παράλληλα έχει και εισόδημα από αγροτική επιχειρηματική δραστηριότητα, η παραπάνω κλίμακα εφαρμόζεται αυτοτελώς για το εισόδημα από αγροτική επιχειρηματική δραστηριότητα και ξεχωριστά για το άθροισμα του εισοδήματος από επιχειρηματική δραστηριότητα και του εισοδήματος από μισθωτή εργασία και συντάξεις.
3) Σε περίπτωση που το εισόδημα προκύπτει μόνο από ατομική αγροτική επιχείρηση τότε ο φόρος μειώνεται κατά 1.900-2.100 ευρώ ανάλογα με την οικογενειακή κατάσταση του φορολογούμενου. Στην περίπτωση, που αποκτάται εισόδημα από μισθούς και συντάξεις μαζί με εισόδημα αγροτικής επιχείρησης, οι παραπάνω μειώσεις του φόρου υπολογίζονται μία φορά για το σύνολο των εισοδημάτων. Κατά την εφαρμογή της ανωτέρω διάταξης δεν γίνεται καμία διάκριση σχετικά με το εάν κάποιος έχει ενταχθεί ή όχι σε κάποιο από τα καθεστώτα του ΦΠΑ (έμμεση φορολογία). Για όσους δηλώσουν εισόδημα από αγροτική επιχειρηματική δραστηριότητα, είναι απαραίτητη η συμπλήρωση του εντύπου Ε3 (Πίνακας ΣΤ'), ανεξάρτητα από το αν υπάρχει απαλλαγή ή όχι από την τήρηση βιβλίων και ανεξάρτητα από την ένταξή τους ή όχι στο ειδικό ή στο κανονικό καθεστώς Φ.Π.Α.
4) Η Διεύθυνση Εφαρμογής Άμεσης Φορολογίας της Ανεξάρτητης Αρχής Δημοσίων Εσόδων βρίσκεται ήδη σε επικοινωνία με τη Διεύθυνση Πληρωμών Αγροτικής Ενίσχυσης του υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης ούτως ώστε οι βεβαιώσεις που θα χορηγεί ο ΟΠΕΚΕΠΕ (και κατ’ επέκταση, η καταχώρησή τους στο Έντυπο Ε3) θα φέρουν τους απαραίτητους χαρακτηρισμούς για την ορθή φορολογική αντιμετώπιση των αγροτικών επιδοτήσεων σύμφωνα με τις διατάξεις του άρθρου 112 του ν. 4387/2016.
5) Οι επιδοτήσεις/ενισχύσεις και αποζημιώσεις που αφορούν σε προγενέστερες χρήσεις συνοδεύονται με σχετικές βεβαιώσεις που πιστοποιούν σε ποια χρήση αντιστοιχούν και θα δηλωθούν με συμπληρωματικές δηλώσεις στα έτη που δημιουργήθηκε το δικαίωμα γι αυτές τις επιδοτήσεις. Η καταχώρηση των αγροτικών αυτών επιδοτήσεων/ενισχύσεων στις συμπληρωματικές δηλώσεις, θα γίνεται σύμφωνα με τις εκάστοτε ισχύουσες οδηγίες της Διοίκησης (σχετική η ΠΟΛ.1116/10.6.2015).
