Το λεγόμενο «έλλειμμα ΦΠΑ» δείχνει τη διαφορά μεταξύ των αναμενόμενων εσόδων από τον ΦΠΑ και του ποσού που πράγματι εισπράττεται. Σύμφωνα με τη μελέτη της Ευρωπαϊκής Επιτροπής, τo 2016 το έλλειμμα ΦΠΑ κυμάνθηκε μεταξύ των χωρών της ΕΕ από 0,85% στο Λουξεμβούργο έως 35,88% στη Ρουμανία και 29% στην Ελλάδα.
Οι χώρες με το υψηλότερο έλλειμμα ΦΠΑ στην ΕΕ είναι η Ρουμανία (35,8%), η Ελλάδα (29%), η Ιταλία (26%), η Σλοβακία (26%), η Λιθουανία (24%) και η Πολωνία (21%). Τις καλύτερες επιδόσεις στην ΕΕ, με επίπεδα ελλείμματος ΦΠΑ κάτω του 5% έχουν το Λουξεμβούργο, η Σουηδία, η Ουγγαρία, η Ισπανία, η Μάλτα, η Ολλανδία και η Κύπρος.
Σε ονομαστικούς όρους, το έλλειμμα ΦΠΑ μειώθηκε κατά 10,5 δισ. ευρώ φθάνοντας τα 147,1 δισ. ευρώ το 2016 και σημειώνοντας μείωση στο 12,3% των συνολικών εσόδων από τον ΦΠΑ σε σύγκριση με 13,2% το προηγούμενο έτος.
Το έλλειμμα ΦΠΑ μειώθηκε σε 22 κράτη μέλη, εκ των οποίων η Βουλγαρία, η Λετονία, η Κύπρος και οι Κάτω Χώρες εμφάνισαν τις καλύτερες επιδόσεις, με μείωση των απωλειών ΦΠΑ σε ποσοστό ανώτερο του 5% σε κάθε χώρα. Ωστόσο, το έλλειμμα ΦΠΑ αυξήθηκε σε έξι κράτη μέλη: Ρουμανία, Φινλανδία, Ηνωμένο Βασίλειο, Ιρλανδία, Εσθονία και Γαλλία.
Ειδικότερα για την Ελλάδα, η μελέτη της Επιτροπής αναφέρει ότι το 2016, το έλλειμμα εσόδων από το ΦΠΑ ανήλθε σε 5,916 δισ. ευρώ. Σε σχέση με το 2015, το έλλειμμα ΦΠΑ στην Ελλάδα παρέμεινε περίπου στα ίδια επίπεδα. Το 2014 το έλλειμμα ΦΠΑ ήταν 27%, ήτοι 4,614 δισ. ευρώ, ενώ το 2013 το έλλειμμα ΦΠΑ ήταν 33%, ήτοι 6,214 δισ. ευρώ.
