Ηταν γιος του ρεμπέτη Θεόδωρου Πολυκανδριώτη και αδελφός του γνωστού συνθέτη, Θανάση Πολυκανδριώτη. Ο Γιάννης Πολυκανδριώτης γεννήθηκε στις 19 Οκτωβρίου 1946στο Αιγάλεω και μεγάλωσε στη Νίκαια.
Για πρώτη φορά, έπαιξε επαγγελματικά το 1958-'59 στην «Ψάθα», στο Αιγάλεω, με τον Πρόδρομο Τσαουσάκη και την Ανθούλα Αλιφραγκή. Αργότερα, ακολούθησαν η «Λουζιτάνια», ο «Κήπος του Αλλάχ», ο «Περιβόλας» και το «Καν Καν».
Είχε σημαντική θητεία στη διασκέδαση στα χρόνια του ’60 και ’70 και συνεργάστηκε με όλα τα ονόματα της εποχής: Σακελλαρίου, Τσιτσάνη, Ζαμπέτα, Μητσάκη, Παγιουμτζή, Τσαουσάκη, Μιχαλόπουλο, Αγγελόπουλο, Λύδια, Μενιδιάτη, Διονυσίου, Μοσχολιού, Πάριο, Κόκοτα, Βιολάρη κ.α.
Παράλληλα, έπαιξε και στη σκηνή του θεάτρου, δίπλα σε γνωστούς ηθοποιούς της εποχής, όπως τη Ρένα Βλαχοπούλου, τη Μάρω Κοντού, τον Κώστα Καρρά, τον Σταύρο Παράβα και τον Σωτήρη Μουστάκα.
Ο Γ. Πολυκανδριωτης σε μια θεατρική παράσταση, τραγουδούν οι Κώστας Καρράς, Μάρω Κοντού, Σωτήρης Μουστάκας και Φώτης Μεταξόπουλος Ο Γ. Πολυκανδριωτης σε μια θεατρική παράσταση, τραγουδούν οι Κώστας Καρράς, Μάρω Κοντού, Σωτήρης Μουστάκας και Φώτης Μεταξόπουλος
Από το 1996 κατοικούσε μόνιμα με την οικογένειά του στο Λονδίνο και είχε δημιουργήσει τη σχολή «Νέα Γενιά της Διασποράς». Σε αυτήν, τα Ελληνόπουλα που έμεναν στην Αγγλία διδάσκονταν την τέχνη του μπουζουκιού και της ελληνικής μουσικής παράδοσης, ενώ ταυτόχρονα συνέβαλαν στη διάδοση του πολιτισμού μας, με τη συμμετοχή τους σε διάφορες εκδηλώσεις.
Στους θερινούς Ολυμπιακούς Αγώνες του Λονδίνου το 2012, ο Γιάννης Πολυκανδριώτης έπαιξε με το μπουζούκι τραγούδια όπως«Τα παιδιά του Πειραιά», ο «Ζορμπάς», το «Ζεϊμπέκικο της Ευδοκίας» κι άλλα.
