Η υπόθεση έφτασε στον εισαγγελέα διαφθοράς Θεσσαλονίκης Δημήτρη Μητρουλιά, από τον οποίο ζητήθηκε να κινηθεί η ποινική δίωξη εναντίον του κατηγορούμενου πρώην διευθυντή, ο οποίος καλείται πλέον να απολογηθεί σε ειδικό ανακριτή.
Το κατηγορητήριο του καταλογίζει ότι με την ιδιότητα του διευθυντή αποφάσισε το 2005 να αναθέσει με προφορική συμφωνία και διαδικασία απευθείας ανάθεσης το έργο της αποθήκευσης και φύλαξης συλλογής του Μουσείου σε ιδιωτική εταιρεία, χωρίς να διερευνήσει τυχόν ευνοϊκότερες προσφορές άλλων εταιρειών, τη στιγμή, μάλιστα, που υπήρχε η δυνατότητα να αξιοποιηθούν για το σκοπό αυτό αποθηκευτικοί χώροι όπου στεγάζεται το Κρατικό Μουσείο Σύγχρονης Τέχνης (αυτοτελές τμήμα του οποίου είναι το ΜΦΘ).
Όπως περιγράφεται στο κατηγορητήριο, η επιλογή του Κρατικού Μουσείου Σύγχρονης Τέχνης κρίθηκε ακατάλληλη και απορρίφθηκε λόγω τεχνικής ανεπάρκειας, ενώ η απόφαση υπέρ της συγκεκριμένης εταιρείας ελήφθη επειδή "ήταν μοναδική και εξειδικευμένη, με ειδικούς αποθηκευτικούς χώρους για έργα τέχνης", ισχυρισμός όμως που δεν επιβεβαιώθηκε από τα προσκομισθέντα αποδεικτικά στοιχεία.
Το ΜΦΘ φαίνεται πως κλήθηκε να καταβάλλει την επόμενη 7ετία δαπάνες ύψους 70.500 ευρώ προς την εταιρεία, ποσό που συνιστά, κατά το κατηγορητήριο, τη ζημιά που υπέστη το Μουσείο.
Η συνεργασία διακόπηκε το 2012, όταν στα μέσα του έτους, εκδηλώθηκε η φωτιά στην αποθήκη της εταιρείας όπου φυλασσόταν η συλλογή φωτογραφιών του ΜΦΘ. Η εταιρεία φαίνεται πως είχε υπογράψει ασφαλιστήριο συμβόλαιο πυρός για την ασφάλιση έναντι πυρός των εγκαταστάσεων και των αποθηκευμένων εντός αυτών εμπορευμάτων, αλλά απ' αυτό δεν προκύπτει το ποσό της αξίωσης που θα είχε το ΜΦΘ σε περίπτωση ζημιάς, ενώ μέχρι την ημέρα της πυρκαγιάς δεν ήταν γνωστός ο αριθμός και το είδος των αποθηκευμένων έργων.
Σε ό,τι αφορά την πυρκαγιά παραπέμφθηκε να δικαστεί για εμπρησμό από αμέλεια ο νόμιμος εκπρόσωπος της εταιρείας και με απόφαση του 2017 αθωώθηκε από το Μονομελές Πλημμελειοδικείο Θεσσαλονίκης.
