Το ΕΚΑΠΤΥ, ΔΕΚΟ που εποπτεύεται από το υπουργείο Υγείας και δραστηριοποιείται αποκλειστικά στο χώρο της υγείας, με αντικείμενο μεταξύ άλλων την πιστοποίηση σε συστήματα διαχείρισης ποιότητας και ιατροτεχνολογικά όπως μηχανήματα και άλλα, βρέθηκε στο στόχαστρο των Εισαγγελέων μετά από μηνυτήρια αναφορά που κατέθεσε ο νέος επικεφαλής της εταιρίας του Δημοσίου , το 2017.
Η δίωξη που ασκήθηκε, αφορά τα αδικήματα της απιστίας και των ψευδών βεβαιώσεων και η δικογραφία που σχηματίστηκε έχει δύο σκέλη. Το πρώτο σκέλος, με την δίωξη να βαρύνει τρεις υπαλλήλους της επίμαχης περιόδου, σχετίζεται με οφειλές ιδιωτών, εταιριών κ.α προς το Κέντρο, που ουδέποτε διεκδικήθηκαν από τους κατηγορούμενους και για τις οποίες έχει παραγραφεί πλέον η δυνατότητα αξίωσης τους από το Δημόσιο. Σύμφωνα με τους εισαγγελικούς υπολογισμούς η ζημιά ξεπερνά τις 150 χιλιάδες ευρώ. Η κατηγορία της ψευδούς βεβαίωσης αφορά την ελλειπή τήρηση των προβλεπόμενων κανονισμών για την πιστοποίηση μηχανημάτων . Οι εμπλεκόμενοι υπάλληλοι φέρονται δηλαδή να εξασφάλιζαν πιστοποιήσεις σε χωρίς να εφαρμόζουν τις οδηγίες για τον έλεγχο συστημάτων και μηχανημάτων.
Το δεύτερο σκέλος της δικογραφίας στρέφεται κατά πρώην στελέχους του ΕΚΑΠΤΥ, που βαρύνεται με την κατηγορία της απιστίας καθώς του αποδίδεται ότι ανάλωσε παράνομα επιχορηγήσεις του Υπουργείου Εξωτερικών, το 2007 και 2008, ύψους πλέον του 1 εκατομμυρίου ευρώ για συγκεκριμένα έργα που αποτελούσαν συμβατικές υποχρεώσεις της χώρας . Τα χρήματα είχαν δοθεί με σκοπό την ανάληψη εκ μέρους του ΕΚΑΠΤΥ έργου δημιουργίας και αποκατάστασης δύο ιατρικών μονάδων στον Λίβανο και ενίσχυσης υποδομών και εκπαίδευσης προσωπικού μίας μονάδας στην Αλβανία. Σύμφωνα με την δικογραφία, τα χρήματα κατά το μεγαλύτερο μέρος τους χρησιμοποιήθηκαν για να καλύψουν λειτουργικές δαπάνες του ΕΚΑΠΤΥ με αποτέλεσμα το 2012 η μία μονάδα στον Λίβανο να μην έχει ολοκληρωθεί ενώ η δεύτερη , όπως και εκείνη στην Αλβανία , δεν ξεκίνησε ποτέ.
