Το Υδατοδρόμιο λειτουργεί ως τόπος από/προσθαλάσσωσης υδροπλάνων με σκοπό τη μεταφορά επιβατών, ταχυδρομείου και φορτίου, την εξυπηρέτηση πτήσεων της Γενικής Αεροπορίας, πτήσεων αεροπορικών
εργασιών και την παροχή πτητικής εκπαίδευσης.
Επίσης επιτρέπεται η πραγματοποίηση πτήσεων εσωτερικού και μόνο.
Η αστική ευθύνη του υπευθύνου λειτουργίας και εκμετάλλευσης του Υδατοδρομίου και των προστηθέντων του για βλάβες ή ζημίες σε τρίτους από τη λειτουργία αυτού καλύπτεται μέχρι ποσού ενός εκατομμυρίου Ευρώ
(1.000.000,00€) για κάθε βλάβη ή ζημία και συνολικού ποσού ενός εκατομμυρίου Ευρώ (1.000.000,00€) ετησίως
Η άδεια λειτουργίας Υδατοδρομίου στον «Οργανισμό Λιμένος Κέρκυρας Α.Ε.» με φορέα λειτουργίας την εταιρεία «Υδατοδρόμια Βορείου Ιονίου Ε.Π.Ε.» είναι αόριστης διάρκειας. Ο κάτοχος δεν απαλλάσσεται από την υποχρέωση ανανέωσης πιστοποιητικών με μικρότερη χρονική διάρκεια ισχύος, τα οποία πρέπει πάντα να διατηρούνται σε ισχύ.
