Η ταφή του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη έγινε μέσα σε κλίμα γενικού πένθους, οδύνης και συγκίνησης.
Στον χώρο του κοιμητηρίου μπήκαν μέλη της οικογένειας Μητσοτάκη, τα μέλη του κλήρου της Εκκλησίας της Κρήτης, με επικεφαλής τον αρχιεπίσκοπο Κρήτης Ειρηναίο, στενοί συνεργάτες και φίλοι της οικογένειας, πολιτικά πρόσωπα και εκπρόσωποι των αρχών, ενώ πολλοί πολίτες βρισκόταν σε κοντινά σημεία.
Στο κοιμητήριο τελέστηκε τρισάγιο, ενώ με δάκρυα στα μάτια αποχαιρέτισαν τον πατέρα τους τα παιδιά του, Κυριάκος, Ντόρα, Αλεξάνδρα και Κατερίνα, καθώς και τα εγγόνια του
Την ώρα που η γη της Κρήτης δεχόταν για πάντα τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη, στρατιωτικά αγήματα και των τριών όπλων των Ενόπλων Δυνάμεων, υπό τους ήχους της μπάντας του Ναυτικού, απέδιδαν τιμές, ενώ Ριζίτες με πένθιμη ενδυμασία, τραγουδούσαν το αγαπημένο του ριζίτικο τραγούδι, «σε ψηλό βουνό σε ριζιμιό χαράκι κάθεται ένας αετός» καθώς και το ριζίτικο «ο αετός και αν πληγωθεί».
Με μαντινάδες και κρητική λύρα είπαν το τελευταίο αντίο στον εκλιπόντα οι κρητικοί καλλιτέχνες Μανώλης Κονταρός και Νίκος Ζωιδάκης.
«Σήκω επάνω αρχηγέ που πάς αυτή την ώρα» τραγούδησαν εν μέσω χειροκροτημάτων οι δύο καλλιτέχνες.
Κατά την ώρα της ταφής άνδρες της 1ης Μοίρας Αλεξιπτωτιστών έριξαν ριπές.
Πάνω στο φέρετρο, ένα από τα εγγόνια του Κωνσταντίνου Μητσοτάκη άφησε μια κρητική κατσούνα, ενώ οι παριστάμενοι τραγουδούσαν τον εθνικό ύμνο.
Την ελληνική σημαία με την οποία ήταν σκεπασμένο το φέρετρο παρέδωσε στον πρόεδρο της ΝΔ Κυριάκο Μητσοτάκη, αξιωματικός του στρατού, ενώ τα παράσημα του εκλιπόντα παραδόθηκαν στην κόρη του Ντόρα Μπακογιάννη.
Φωνάζοντας «αθάνατος» και πετώντας λουλούδια στον τάφο, οι παριστάμενοι αποχαιρέτισαν τον Κωνσταντίνο Μητσοτάκη.
Η σορός του μεταφέρθηκε στο κοιμητήριο από τον ναό της Αγίας Μαγδαληνής, όπου και είχε εκτεθεί από το βράδυ της Τετάρτης σε λαϊκό προσκύνημα.
Το φέρετρο τοποθετήθηκε πάνω σε κιλλίβαντα πυροβόλου και μέσω των οδών Σκρά και Ακρωτηρίου κατευθύνθηκε με τιμητική πομπή στρατιωτικού αγήματος και βρακοφόρων προς το κοιμητήριο.
Σε πολλά σημεία της διαδρομής υπήρχαν πολίτες που χειροκροτούσαν, φωνάζοντας «αθάνατος» και το όνομα του εκλιπόντος.
