Στο Ανώτατο Ακυρωτικό Δικαστήριο είχαν προσφύγει 19 πανεπιστήμια, τέσσερις πρυτάνεις, δύο αντιπρυτάνεις και 49 πανεπιστημιακοί δάσκαλοι το 2012, ζητώντας να ακυρωθούν ως αντισυνταγματικές και παράνομες οι υπουργικές αποφάσεις που αφορούν στην ηλεκτρονική ψηφοφορία ανάδειξης των οργάνων των ΑΕΙ, την ταξινόμηση ψήφου, αλλά και τη διαδικασία εκλογής Συμβουλίων Ιδρύματος.
Στην προσφυγή τους, υποστήριζαν ότι καταργείται το αυτοδιοίκητο των ΑΕΙ λόγω της πρόβλεψης εκλογής εξωτερικών μελών, μη πανεπιστημιακών, στα Συμβούλια Ιδρύματος, τονίζοντας παράλληλα ότι το επίμαχο νομοθετικό πλαίσιο παραβιάζει το άρθρο 16 του Συντάγματος, που καθιερώνει την ακαδημαϊκή ελευθερία και το αυτοδιοίκητο των ΑΕΙ.
