Την ίδια στιγμή, ο υπουργός Κώστας Γαβρόγλου επέλεξε ένα σύστημα διοίκησης των ΑΕΙ (π.χ. ανάδειξη οργάνων, αρμοδιότητες) συνδυάζοντας στοιχεία των νόμων από το 1982 έως και το 2011.
Ειδικότερα σύμφωνα με την Καθημερινή, το σχέδιο για τα ΑΕΙ ορίζει ότι όλες οι εκλογές θα γίνονται με τη χρήση κάλπης, δύο φορές αν χρειαστεί. Σε περίπτωση που αποβούν άγονες οι δύο απόπειρες –όταν κάποιοι κλέψουν τις κάλπες ή εμποδίσουν το εκλογικό σώμα να ψηφίσει, όπως έχει συμβεί ουκ ολίγες φορές τα τελευταία χρόνια από ομάδες φοιτητών–, τότε προβλέπεται ως τρίτο βήμα-λύση η ηλεκτρονική ψηφοφορία. Με τον τρόπο αυτό, το υπ. Παιδείας παραδέχεται τα –σχεδόν βέβαια– φαινόμενα βίας κατά τη διάρκεια εκλογών π.χ. για πρύτανη. Ωστόσο, το υπ. Παιδείας δεν εμποδίζει τη φαρσοκωμωδία της κάλπης θεσμοθετώντας μόνο την ηλεκτρονική ψηφοφορία, όπως ζητεί μερίδα πανεπιστημιακών, διότι εντός του ΣΥΡΙΖΑ υπάρχει η εκτίμηση ότι στο παραδοσιακό παραβάν η ψήφος δεν μπορεί να υποκλαπεί.
Επίσης, η εκλογή των αντιπρυτάνεων θα γίνεται με ξεχωριστό ψηφοδέλτιο από τους πρυτάνεις (στον νόμο του 1982 ο υποψήφιος πρύτανης και οι αντιπρυτάνεις έθεταν υποψηφιότητα ως πρυτανικό σχήμα) και μονοσταυρία. Οι αρμοδιότητες των αντιπρυτάνεων θα είναι παρεμφερείς με ό,τι ισχύει. Ως προς τη θητεία, ο πρύτανης δεν θα επιτρέπεται να είναι υποψήφιος και να εκλεγεί δεύτερη συνεχή θητεία στο αξίωμά του ή του αντιπρύτανη, ενώ και ο αντιπρύτανης δεν μπορεί να θέσει εκ νέου υποψηφιότητα για το ίδιο αξίωμα (δεν ισχύει το ίδιο, εάν επιθυμεί να εκλεγεί πρύτανης). Οι φοιτητές δεν θα συμμετέχουν στην εκλογή μονοπρόσωπων οργάνων (πρόεδρος τμήματος, κοσμήτορας, πρύτανης), για να αποτραπούν εκλογικές συναλλαγές υποψηφίων με φοιτητικές παρατάξεις.
Παράλληλα, θα δοθεί τρίμηνη παράταση θητειών των πρυτάνεων και προέδρων των ΤΕΙ που η θητεία τους λήγει στις 31 Αυγούστου, για να γίνουν εκλογές μετά την έναρξη του ακαδημαϊκού έτους 2017 - 2018.
