Ειδικότερα η εγκύκλιος της ΓΓΔΕ αναφέρει ότι οι Προϊστάμενοι των Δ.Ο.Υ. υποχρεούνται:
α) Για δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος που έχουν υποβληθεί μέχρι 31/12/2013:
α1) να πραγματοποιήσουν την επιστροφή συμπεριλαμβανομένης και της εκταμίευσης/ συμψηφισμού για όσες υποθέσεις δεν απαιτείται έλεγχος, εντός τριάντα (30) ημερών από την παραλαβή του αρχείου και στη συνέχεια να ενημερώσουν τη Δ/νση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης, απολογιστικά.
α2) Να διενεργήσουν μερικό έλεγχο (εφόσον απαιτείται) και να ολοκληρώσουν τη διαδικασία επιστροφής ή συμψηφισμού εντός εξήντα (60) ημερών συμπεριλαμβανομένης και της εκταμίευσης/ συμψηφισμού από την ημερομηνία έκδοσης της εντολής ελέγχου.
α3) Στην περίπτωση που από τον ανωτέρω έλεγχο κριθεί απαραίτητο να διενεργηθεί πλήρης έλεγχος, αυτός ολοκληρώνεται, εκταμιεύεται/συμψηφίζεται εντός τεσσάρων (4) μηνών από την ημερομηνία έκδοσης της εντολής ελέγχου.
β) Για δηλώσεις φορολογίας εισοδήματος που υποβάλλονται από 01/01/2014 και εφεξής, να καταβάλουν στους δικαιούχους εντός ενενήντα (90) ημερών από την ημερομηνία υποβολής έγγραφου αιτήματος, το ποσό που απομένει προς επιστροφή μετά τη διενέργεια τυχόν συμψηφισμών με βεβαιωμένες οφειλές αυτών προς τη Φορολογική Διοίκηση. Στο αίτημα αναγράφεται ο αριθμός IBAN τραπεζικού λογαριασμού του δικαιούχου και περιλαμβάνεται η τυχόν έγγραφη δήλωση συμψηφισμού του επιστρεπτέου ποσού με μελλοντικές οφειλές. Η αίτηση αυτή συνοδευόμενη με εκτύπωση από την εφαρμογή του TAXISNET του αντίστοιχου εντύπου δήλωσης φορολογίας εισοδήματος, από το οποίο προκύπτει η επιστροφή, θα υποβάλλεται χειρόγραφα στο Γραφείο Πρωτοκόλλου της Δ.Ο.Υ. στην οποία έχει υποβληθεί η δήλωση, όπου θα πρέπει να χαρακτηρίζεται ρητά ως αίτηση επιστροφής φόρου εισοδήματος. Στην περίπτωση που δεν έχει αναγραφεί IBAN λογαριασμού επί της αίτησης επιστροφής είτε απαιτείται για την εξόφληση η προσκόμιση δικαιολογητικών ή η υλοποίηση περαιτέρω ενεργειών που προβλέπονται από την κείμενη νομοθεσία, αποστέλλεται μετά την εκκαθάριση του σχετικού ΑΦΕΚ, άμεσα και χωρίς υπαίτια καθυστέρηση, ειδοποίηση στο δικαιούχο. Διαφορετικά, το επιστρεπτέο ποσό μεταφέρεται στον τραπεζικό λογαριασμό του δικαιούχου αμέσως.
Επισημαίνεται, ότι σε περίπτωση χειρόγραφης υποβολής δηλώσεων φορολογίας εισοδήματος με πιστωτικό υπόλοιπο, η διενέργεια ή μη ελέγχου για την επιστροφή του φόρου θα κρίνεται κατά περίπτωση από τον Προϊστάμενο της αρμόδιας Δ.Ο.Υ.».
