Συγκεκριμένα σχετικά με την διαδικασία επιστροφής ΦΠΑ στους αγρότες του ειδικού καθεστώτος,για έτος 2013, παρέχονται οι ακόλουθες οδηγίες και διευκρινίσεις για την ομοιόμορφη εφαρμογή.
Με τις διατάξεις του ΚΦΑΣ προβλέπεται όριο για τα φορολογικά στοιχεία αγοράς αγροτικών προϊόντων που εκδίδονται από 1.1.2013 και εξής, αξίας τριών χιλιάδων (3.000) ευρώ, άνω του οποίου η εξόφληση από τον αγοραστή πρέπει να γίνεται με επιταγή εκδόσεώς του ή με κατάθεση σε τραπεζικό λογαριασμό. Για τα φορολογικά στοιχεία αγοράς αγροτικών προϊόντων που εκδόθηκαν έως και 31.12.2012, το όριο ανερχόταν σε χίλια (1.000) ευρώ.
Ο τρόπος εξόφλησης των τιμολογίων από τους αγοραστές αγροτικών προϊόντων δεν αποτελεί προϋπόθεση για την επιστροφή του φόρου στους αγρότες του ειδικού καθεστώτος και κατά συνέπεια τα προσκομιζόμενα τιμολόγια γίνονται δεκτά για την επιστροφή, ακόμη και αν οι αγρότες δεν προσκομίσουν συνοδευτικά τραπεζική επιταγή ή αντίγραφο τραπεζικού λογαριασμού, τα οποία ωστόσο δύναται να ζητηθούν στο πλαίσιο του ελέγχου για την απόδειξη της συναλλαγής.
Σύμφωνα με παλαιότερες διατάξεις προκύπτει ότι από 1.6.2010 έως και 31.12.2012 οι επιτηδευματίες που είχαν αγοράσει αγροτικά προϊόντα από αγρότες του ειδικού καθεστώτος υποχρεούνταν να εκδίδουν Δελτίο Αποστολής - Τιμολόγιο.
Για τις περιπτώσεις εκείνες που παρά την ως άνω υποχρέωση εκδόθηκαν τιμολόγια αγοράς αγροτικών προϊόντων και όχι συνενωμένα Δελτία Αποστολής – Τιμολόγια, δεδομένου ότι οι αγρότες ως λήπτες δεν φέρουν ευθύνη για υποχρεώσεις των εκδοτών των εν λόγω στοιχείων, τα τιμολόγια αυτά γίνονται δεκτά για την επιστροφή του φόρου.
Οι υπόχρεοι απεικόνισης συναλλαγών που εκδίδουν τα φορολογικά τους στοιχεία μηχανογραφικά με τη χρήση φορολογικού μηχανισμού, οφείλουν να δηλώσουν την αγορά και τη λειτουργία του μηχανισμού.
Τυχόν φορολογικά στοιχεία που έχουν εκδοθεί έως και 31.12.2012 από φορολογικό μηχανισμό που δεν έχει δηλωθεί γίνονται δεκτά ως νόμιμα για την επιστροφή, με την προϋπόθεση ότι αφορούν πραγματική συναλλαγή, γεγονός το οποίο, εφόσον διαπιστωθεί συνεπεία διενέργειας σχετικού ελέγχου, καθιστά εφικτή την επιστροφή του φόρου.
Επισημαίνεται ότι τα παραπάνω τιμολόγια εκδίδονται αθεώρητα και χωρίς σήμανση από φορολογικό μηχανισμό.
Επίσης προβλέπεται ότι η Δ.Ο.Υ. θα καταθέτει με εντολή μεταφοράς το υπόλοιπο ποσό για κάθε ΑΦΕΚ σε ανέγκλητο λογαριασμό που πρέπει να δημιουργήσουν οι συνεταιριστικές οργανώσεις.
Επί του θέματος αυτού διευκρινίζεται ότι ακολουθείται η εξής διαδικασία: Στην αρχή η Δ.Ο.Υ. καταθέτει το ποσό του ΑΦΕΚ στον ανέγκλητο τραπεζικό λογαριασμό της συνεταιριστικής οργάνωσης και η τράπεζα πιστώνει τους λογαριασμούς των δικαιούχων αγροτών που τηρούνται σ’ αυτήν. Στην περίπτωση που κάποιοι από τους δικαιούχους αγρότες έχουν δηλώσει λογαριασμούς σε άλλες τράπεζες, η τράπεζα που τηρεί τον ανέγκλητο λογαριασμό δίνει εντολή για την μεταφορά των ποσών μέσω εμβασμάτων στους τραπεζικούς λογαριασμούς των δικαιούχων αγροτών.
Στην περίπτωση που κάποιος αγρότης αιτείται επιστροφής ΦΠΑ χωρίς να έχει υποβάλει Αίτηση για την ενεργοποίηση των δικαιωμάτων ενιαίας ενίσχυσης ή Ενιαία Δήλωση Καλλιέργειας/Εκτροφής του νόμου 3877/2010 και, κατά συνέπεια, δεν περιλαμβάνεται στο ηλεκτρονικό αρχείο του Υπουργείου Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων ή στην περίπτωση που η δήλωση αυτή είναι ανακριβής για οποιονδήποτε λόγο, ο αγρότης μπορεί να τύχει της επιστροφής μετά από έλεγχο της αρμόδιας Δ.Ο.Υ. των πραγματικών περιστατικών και των στοιχείων που αποδεικνύουν την άσκηση της αγροτικής εκμετάλλευσης.
Μετά την πραγματοποίηση των επιστροφών, για την οριστικοποίηση της επιστροφής του ΦΠΑ στους αγρότες, διενεργείται από τις αρμόδιες Δ.Ο.Υ. φορολογικός έλεγχος. Ο έλεγχος θα πρέπει να πραγματοποιηθεί κατά προτεραιότητα, αρχής γενομένης από τις αιτήσεις αγροτών με τα υψηλότερα ποσά επιστροφής και θα πρέπει να περιλάβει όλες τις αιτήσεις με ποσά επιστροφής ανώτερα των 10.000 ευρώ. Μετά την ολοκλήρωση του ελέγχου αυτού, θα διενεργείται έλεγχος και για μικρότερα ποσά, εφόσον υπάρχουν στοιχεία ή ενδείξεις για μη νόμιμη επιστροφή ΦΠΑ
