Οπως προκύπτει από σχετική απόφαση του Διοικητή της ΑΑΔΕ Γιώργου Πιτσιλή κατά προτεραιότητα θα πρέπει να ελεγχθούν:
α) Υποθέσεις που αφορούν σε εκθέσεις έρευνας των Υ.Ε.Δ.Δ.Ε.
β) Υποθέσεις που αφορούν σε πορισματικές εκθέσεις που διαβιβάζονται στην Α.Α.Δ.Ε. από τη Διεύθυνση Ερευνών Οικονομικού Εγκλήματος κατ΄ εφαρμογή των διατάξεων του άρθρου 387 του ν. 4512/2018.
γ) Υποθέσεις που αφορούν σε επιστροφές φόρων.
δ) Υποθέσεις που αφορούν σε έλεγχο βάσει δείγματος, δικαιούχων που έτυχαν επιστροφής Φ.Π.Α., καθώς και δικαιούχων νομικών προσώπων και νομικών οντοτήτων που έτυχαν επιστροφής φόρου εισοδήματος, χωρίς έλεγχο.
ε) Υποθέσεις για τις οποίες έχει εκδοθεί σημείωμα διαπιστώσεων με τα αποτελέσματα του φορολογικού ελέγχου και προσωρινός προσδιορισμός φόρων και προστίμων κατά τη δημοσίευση της παρούσας.
στ) Υποθέσεις για τις οποίες επίκειται η έκδοση σημειώματος διαπιστώσεων και προσωρινού προσδιορισμού φόρου και προστίμου, συνεκτιμώντας αιτιολογημένα στο Ο.Π.Σ. Elenxis
ζ) Υποθέσεις που προέκυψαν από εισαγγελικές παραγγελίες, εντολές ανακριτικών και προανακριτικών πράξεων, περιλαμβανομένων αιτημάτων και εντολών διενέργειας φορολογικών ελέγχων που έχουν προκύψει από εντολή οποιασδήποτε Εισαγγελικής ή Δικαστικής Αρχής, των οποίων ο έλεγχος βρίσκεται σε τελικό στάδιο την 28.2.2018 κατά την έννοια των διατάξεων του άρθρου 389 του ν. 4512/2018, ήτοι κατά την ως άνω ημερομηνία έχει εκδοθεί προσωρινός διορθωτικός προσδιορισμός φόρου ή αίτημα παροχής πληροφοριών του άρθρου 14 του Κ.Φ.Δ..
η) Υποθέσεις των Δ.Ο.Υ και Υ.Ε.Δ.Δ.Ε. που αφορούν σε διενέργεια μερικού επιτόπιου ελέγχου διαπίστωσης της εκπλήρωσης των φορολογικών υποχρεώσεων, της τήρησης των βιβλίων και της έκδοσης των φορολογικών στοιχείων, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις, για φορολογουμένους που ασκούν οποιαδήποτε δραστηριότητα ή διακινούν αγαθά.
θ) Υποθέσεις που αφορούν σε διασταυρωτικούς ελέγχους ενδοκοινοτικών συναλλαγών (VIES), υποθέσεις πολυμερών (ταυτόχρονων) ελέγχων που διενεργούνται από ελληνικές και αλλοδαπές φορολογικές αρχές, υποθέσεις διενέργειας ελέγχου στο πλαίσιο επανάληψης διαδικασίας καθώς και σε εκτέλεση προδικαστικής απόφασης.Από τις υποθέσεις που ελέγχονται κατά προτεραιότητα σύμφωνα με τα παραπάνω, οι προϊστάμενοι των ελεγκτικών υπηρεσιών προτεραιοποιούν και προβαίνουν στην έκδοση πράξεων διορθωτικού προσδιορισμού φόρων και προστίμων ως εξής:
α) για ελεγχόμενες χρήσεις 2002 και μετά, με βάση τις διατάξεις της παρ. 5 του άρθ. 84 του ν. 2238/1994 (μη υποβολή δήλωσης στη φορολογία εισοδήματος),
β) για ελεγχόμενες χρήσεις 2007 και μετά, με βάση τις διατάξεις της παρ. 4 του άρθ. 84 και της περ. α’ της παρ. 2 του άρθ. 68 του ν. 2238/1994 (συμπληρωματικά στοιχεία),
γ) για ελεγχόμενες χρήσεις 2012 και 2013, με βάση τις διατάξεις της παρ. 1 του άρθ. 84 του ν. 2238/1994 και για φορολογικά έτη 2014 και μετά με βάση τις διατάξεις της παρ. 1 του άρθρου 36 του ν. 4174/2013 (πενταετής παραγραφή).
Τα παραπάνω, όπως διευκρινίζεται, ισχύουν για τις φορολογίες εισοδήματος και Κ.Β.Σ., καθόσον για τις φορολογίες Φ.Π.Α., κεφαλαίου και τελών χαρτοσήμου ισχύουν διαφορετικοί χρόνοι παραγραφής.
Σημειώνεται επίσης ότι “Η Διεύθυνση Ελέγχων, δύναται να διαβιβάζει δείγμα υποθέσεων που έχουν προτεραιοποιηθεί από τους προϊσταμένους των ελεγκτικών υπηρεσιών, το οποίο δεν μπορεί να υπερβεί συνολικά το 5% αυτών, στη Διεύθυνση Εσωτερικών Υποθέσεων για τις δικές της ενέργειες κατά λόγο αρμοδιότητας».
