Όπως αναφέρεται στην αιτιολογική έκθεση, σε συμπλήρωση των διατάξεων του Ν. 4172/2013 (σ.σ. άρθρα 52 έως και 55 που αφορούν σε φορολογικά κίνητρα αναφορικά με το φόρο εισοδήματος σε μετασχηματισμούς επιχειρήσεων) και με στόχο αφενός να παρασχεθεί ένα πλήρες πλαίσιο κινήτρων για μετασχηματισμούς επιχειρήσεων με το ν. 4172/2013 και αφετέρου να υπάρξει ενιαία αντιμετώπιση των μετασχηματισμών βάσει των διατάξεων του ν. 4172/2013 με τις ισχύουσες διατάξεις των αναπτυξιακών νομοθετημάτων, προβλέπεται απαλλαγή από τις φορολογικές και λοιπές επιβαρύνσεις για μετασχηματισμούς κατά τα άρθρα 52 έως και 55 του ν. 4172/2013. Στις απαλλαγές δεν περιλαμβάνεται ο φόρος συγκέντρωσης κεφαλαίων. Επίσης οι διατάξεις του Κώδικα ΦΠΑ και του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος εφαρμόζονται όπως ισχύουν.
Με την τροπολογία διευκρινίζεται πως δεδομένου ότι με την προτεινόμενη ρύθμιση παρέχεται πλέον πλήρες πλαίσιο κινήτρων για μετασχηματισμούς, σύμφωνα με τις διατάξεις του ΚΦΕ, εφεξής δεν είναι δυνατή η παράλληλη υπαγωγή μετασχηματισμών στις διατάξεις του ΚΦΕ και στις διατάξεις λοιπών αναπτυξιακών νομοθετημάτων.
Ειδικότερα ως προς το σκέλος της απαλλαγής, ορίζεται ότι για μετασχηματισμούς κατά τα άρθρα 52 έως και 55 του ΚΦΕ, η σύμβαση, η εισφορά και η μεταβίβαση των περιουσιακών στοιχείων των μετασχηματιζόμενων επιχειρήσεων, κάθε σχετική πράξη ή συμφωνία, οι αποφάσεις των κατά νόμο οργάνων των μετασχηματιζόμενων εταιρειών, η σχέση συμμετοχής στο κεφάλαιο της νέας εταιρείας, καθώς και κάθε άλλη συμφωνία ή πράξη που απαιτείται για τον μετασχηματισμό ή τη σύσταση νέας εταιρείας, η δημοσίευση αυτών στο ΓΕΜΗ και η μεταγραφή των σχετικών πράξεων απαλλάσσονται από κάθε φόρο, τέλος χαρτοσήμου η οποιοδήποτε άλλο τέλος υπέρ του Δημοσίου, καθώς και από κάθε τέλος, εισφορά ή δικαίωμα υπέρ τρίτου, με την επιφύλαξη του φόρου συγκέντρωσης κεφαλαίων. Αναφορικά με το Φόρο Προστιθέμενης Αξίας και το Φόρο Εισοδήματος, εφαρμόζονται οι διατάξεις του Κώδικα ΦΠΑ και του ΚΦΕ όπως ισχύουν. Τα ανωτέρω ισχύουν για μετασχηματισμούς των οποίων η διαδικασία αρχίζει μετά τη δημοσίευση του υπό ψήφιση νόμου.
Με την τροπολογία που κατατέθηκε στη Βουλή ορίζεται επίσης ότι, προκειμένου να αποφευχθεί η καταστρατήγηση των διατάξεων των άρθρων 53 και 54 του Κώδικα Φορολογίας Εισοδήματος, σχετικά με την φορολογική αντιμετώπιση της ανταλλαγής τίτλων εταιρειών αφενός και των συγχωνεύσεων και διασπάσεων εταιρειών αφετέρου, η φορολογική διοίκηση δύναται να επιβάλει προϋποθέσεις για την εφαρμογή τους.
Με τις προωθούμενες διατάξεις συμπληρώνεται ο Κώδικας Φορολογικής Διαδικασίας με τη Διαδικασία Αμοιβαίου Διακανονισμού κατ΄εφαρμογή των Συμβάσεων Αποφυγής Διπλής Φορολογίας και της Ευρωπαϊκής Σύμβασης για εξάλειψη διπλής φορολογίας σε περίπτωση διορθώσεως των κερδών συνδεδεμένων επιχειρήσεων. Με την τροπολογία προβλέπεται ότι η συγκεκριμένη διαδικασία διεξάγεται από την φορολογική διοίκηση και τα αποτελέσματά της επέρχονται με την έκδοση απόφασης αμοιβαίου διακανονισμού του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων.
Με την ολοκλήρωση της διαδικασίας αμοιβαίου διακανονισμού, το αποτέλεσμα αυτής κοινοποιείται στον φορολογούμενο τον οποίο αφορά και ο οποίος δύναται να αποδεχθεί αυτήν εντός 60 ημερών από την κοινοποίησή της. Σε περίπτωση αποδοχής της εντός της ανωτέρω προθεσμίας, εκδίδεται απόφαση αμοιβαίου διακανονισμού η οποία δεν υπόκειται σε ενδικοφανή προσφυγή ή οποιοδήποτε ένδικο βοήθημα.
