Θεωρείται ένας από τους μεγαλύτερους και πιο χαρισματικούς τραγουδιστές όλων των εποχών και είναι γνωστός για την φανταχτερή του περσόνα στη σκηνή και το τεσσάρων οκτάβων εύρος φωνής του.
Τον Οκτώβριο του 1986, ο βρετανικός τύπος ανέφερε ότι ο Mercury έκανε αιματολογικές εξετάσεις για HIV στην κλινική Harley Street. Pεπόρτερ της βρετανικής εφημερίδας The Sun, ρώτησε τον Mercury σχετικά με την ιστορία στο Heathrow Airport, καθώς επέστρεφε από ένα ταξίδι στην Ιαπωνία. Aρνήθηκε ότι έπασχε από την ασθένεια. Σύμφωνα με τον σύντροφό του, Jim Haton , ο Freddie Mercury διαγνώστηκε με AIDS στα τέλη του Απριλίου του 1987.
Με περίσσιο θάρρος στις 22 Νοεμβρίου του 1991 ο Freddie Mercury κάλεσε στο σπίτι του τον ατζέντη του Jim Beach, για να ετοιμάσει μια δημόσια δήλωση.
Η δήλωση αυτή κυκλοφόρησε την επόμενη μέρα:«Μετά τις τεράστιες εικασίες από τον Τύπο τις τελευταίες δύο εβδομάδες, θα ήθελα να επιβεβαιώσω ότι έχω διαγνωστεί με τον ιό HIV».
Δυο μέρες μετά (24/11/1991) ο Freddie Mercury θα φύγει απ’ την ζωή, έχοντας καταφέρει έστω και στις τελευταίες του στιγμές να αποδεσμευτεί από τον καθωσπρεπισμό της πουριτανής κοινωνίας, η οποία αντιμετώπιζε με σοκ έναν ομοφυλόφιλο καλλιτέχνη, που πάσχει από AIDS.
Μια από τις πιο εμβληματικές εμφανίσεις των Queen ήταν στο show Live Aid του Wembley, που συγκέντρωσε 72.000 θεατές το 1985. Οι Queen ανέβηκαν στη σκηνή του Wembley έχοντας 17 λεπτά στη διάθεσή τους.
Ακολούθησε η καλύτερη ίσως live εμφάνιση όλων των εποχών. Το single «Hammer to Fall» είχε μόλις κυκλοφορήσει και η εισαγωγή με το «Bohemian Rhapsody» έδωσε τη θέση της στο «Radio Ga Ga».
Η στιγμή που ο Mercury υψώνει τη γροθιά του προς το κοινό έχει μείνει στην ιστορία ως ένα από τα πιο χαρακτηριστικά στιγμιότυπα στην ιστορία της ροκ μουσικής
«Μπάσταρδοι, κλέψατε όλο το show», φαίνεται να είπε ο Elton John μετά τη συναυλία.
Το 1991 το συγκρότημα δημιούργησε το τελευταίο του άλμπουμ με τίτλο Innuendo. Το τελευταίο τραγούδι είναι το The Show Must Go On, του οποίου οι στίχοι φανερώνουν ότι ο Mercury γνώριζε πως δεν θα ήταν για πολύ καιρό ακόμη στη ζωή.
Στις 14 Οκτωβρίου του 1991, το τραγούδι, κυκλοφόρησε σε single στο Ηνωμένο Βασίλειο, για την προώθηση του Greatest Hits II, έξι εβδομάδες πριν τον θάνατό του.
