Έκανε μαθήματα βυζαντινής μουσικής με τον Απόστολο Βαλληνδρά και από το 1964 εγκαταστάθηκε στο Παρίσι, όπου σπούδασε μαθηματικά, κυβερνητική και μουσικό αυτοματισμό (École Pratique des Hautes Etudes). Το 1969 επέστρεψε και άρχισε να ερευνά σε βάθος τη βυζαντινή μουσική. Η διδακτορική του διατριβή (Πανεπιστήμιο Βενσέν) είχε ως θέμα τη δομική ανάλυση της βυζαντινής μουσικής. Από το 1970 ήταν μέλος του Παρισινού "Κέντρου Μαθηματικών Σπουδών Μουσικού Αυτοματισμού".
Όταν επέστρεψε στην Ελλάδα, ίδρυσε την «Ορχήστρα παλαιών παραδοσιακών και πρωτότυπων Οργάνων» (κατασκευάζοντας πολλά από αυτά τα όργανα μόνος του) και παρουσίασε εντός και εκτός χώρας την «κοσμική βυζαντινή μουσική». Στη δεκαετία του 1980 δημιούργησε τη δισκογραφική εταιρεία «Οrata», η οποία είχε στον κατάλογό της σημαντικά έργα της βυζαντινής περιόδου, που ηχογραφήθηκαν υπό την εποπτεία του και συνάντησαν ικανή διεθνή αποδοχή. Επίσης, δημιούργησε στη Θεσσαλονίκη Μουσείο αρχαίων και βυζαντινών Οργάνων, τα οποία επανακατασκεύασε με τη μέγιστη δυνατή ακρίβεια μέσα από παραστάσεις αγγείων και άλλες διαθέσιμες πηγές.
Ο Χριστόδουλος Χάλαρης έχει αφήσει το μουσικό του στίγμα σε μια αξιόλογη σειρά κύκλων τραγουδιών τη δεκαετία του 1970 («Τροπικός της Παρθένου», «Ακολουθία», «Δροσουλίτες», «Ερωτόκριτος» κ.α.), επίσης στο θέατρο, αλλά και στον κινηματογράφο, καθώς έχει γράψει τη μουσική στην ταινία «Μεγαλέξανδρος» του Αγγελόπουλου (1979) και «Η Φωτογραφία» του Παπατάκη (1986). Επίσης, ηχογράφησε δίσκους βυζαντινής, μεταβυζαντινής, αρχαίας ελληνικής και ιδιωματικής δημοτικής, μουσικής, καθώς και μονογραφίες παραδοσιακής μουσικής. Τιμήθηκε για το έργο του «Ρωμανός ο Μελωδός» με το βραβείο μουσικής στο Φεστιβάλ Κινηματογράφου Θεσσαλονίκης (1978).
