Πλην των δύο ιερωμένων, κατηγορούμενοι για την υπόθεση της Μονής Βατοπεδίου είναι άλλα 12 πρόσωπα, μεταξύ των οποίων η συμβολαιογράφος Κατερίνα Πελέκη, οι δικηγόροι Διονύσης και Δημήτρης Πελέκης, πατέρας και αδελφός της κατηγορουμένης ,ο πρώην πρόεδρος και ο πρώην διευθύνων σύμβουλος της Κτηματικής Εταιρίας του Δημοσίου Πέτρος Παπαγεωργίου και Κωνσταντίνος Γκράτσιος, ο πρώην γενικός γραμματέας του υπουργείου Γεωργίας Κωνσταντίνος Σκιαδάς, η πρώην διευθύντρια του υπουργείου Ανάπτυξης Σταματούλα Μαντέλη, ο πρώην αντιπρόεδρος και μέλη του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους κ.α.
Επτά χρόνια μετά τη δημοσιοποίηση της υπόθεσης με τις επίμαχες ανταλλαγές, οι κατηγορούμενοι καλούνται πλέον να λογοδοτήσουν στο ακροατήριο για τον βαθμό εμπλοκής που τους καταλογίζεται, είτε ως φυσικοί είτε ως ηθικοί αυτουργοί σε πράξεις απιστίας και ψευδών βεβαιώσεων.
Η υπόθεση αφορά την παράδοση από τη Μονή, στο Δημόσιο, της Λίμνης Βιστωνίδας και των παραλιμνίων εκτάσεων της, συνολικού εμβαδού περίπου 27 χιλιάδων, με αντάλλαγμα ακίνητα του Δημοσίου. Η εν λόγω ανταλλαγή, που κατά τη δικογραφία προκάλεσε ζημιά στο Δημόσιο, έγινε την περίοδο 2006- 2008 και στηρίχθηκε στην προηγούμενη παραδοχή εκ μέρους των αρμοδίων κρατικών υπηρεσιών ότι η αγιορείτικη Μονή έχει στην ιδιοκτησία της την Βιστωνίδα από το 1080 οπότε της έγινε σχετική δωρεά από τον τότε βυζαντινό Αυτοκράτορα με χρυσόβουλο και άλλα που ακολούθησαν.
Κατά τη δικογραφία, οι κατηγορούμενοι εν γνώσει τους «παρερμήνευσαν το περιεχόμενο των χρυσόβουλων που επικαλείται η Ιερά Μονή ως τίτλους ιδιοκτησίας, υιοθετώντας τους ισχυρισμούς της με ατεκμηρίωτες και προσχηματικές αιτιολογίες» με αποτέλεσμα οι ενέργειες τους να «πλήξουν τα συμφέροντα του Δημοσίου».
Στην υπόθεση αρχικά οι κατηγορούμενοι ήταν 32, μεταξύ των οποίων και ο διευθυντής του πολιτικού γραφείου του πρώην πρωθυπουργού Κ.Καραμανλή, Γιάννης Αγγέλου. Με βούλευμα ωστόσο του Συμβουλίου Εφετών, τόσο ο κ. Αγγέλου όσο και άλλοι 17 κατηγορούμενοι απαλλάχθηκαν καθώς κατά την κρίση των Εφετών δεν προέκυπταν ικανά στοιχεία για την παραπομπή τους σε δίκη.
Το εν λόγω βούλευμα αναιρέθηκε από τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Γιώργο Μποροδήμο ο οποίος μεταξύ άλλων έκρινε ότι στερείται ειδικής και εμπεριστατωμένης αιτιολογίας. Ωστόσο, η αναίρεση δεν έγινε δεκτή από το ποινικό τμήμα του Αρείου Πάγου που, τον περασμένο Νοέμβριο, απέρριψε τις αιτιάσεις του αντεισαγγελέα, δεχόμενο το εφετειακό βούλευμα για την παραπομπή των δεκατεσσάρων κατηγορουμένων.
