Στο Μουσείο οργανώνονται καθημερινά ξεναγήσεις μαθητών, φοιτητών και ομάδων ενηλίκων στην ελληνική, αγγλική και γαλλική γλώσσα, μετά από συνεννόηση. Πραγματοποιούνται επίσης ειδικά εκπαιδευτικά προγράμματα για τους μαθητές των τελευταίων τάξεων του Δημοτικού.
Το Μουσείο Ιστορίας Πανεπιστημίου Αθηνών στεγάζεται σε ένα από τα ελάχιστα σωζόμενα κτήρια της προ-οθωνικής περιόδου. Κτισμένο στα ριζά της Ακρόπολης, με πανοραμική άποψη της Πλάκας, της Αρχαίας Αγοράς, του Αστεροσκοπείου και του Λυκαβηττού, το ιστορικό κτήριο της οικίας Κλεάνθους (από τις ωραιότερες οικίες του κόσμου), γνωστής και ως το «Παληό Πανεπιστήμιο», φιλοξένησε το πρώτο Πανεπιστήμιο του ανεξάρτητου ελληνικού κράτους τα τέσσερα πρώτα χρόνια λειτουργίας του, από το 1837 έως το 1841.
Την άνοιξη του 1987, στα πλαίσια του εορτασμού των 150 χρόνων λειτουργίας του ιδρύματος, εγκαινιάστηκε στο κτήριο το Μουσείο Ιστορίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Στόχοι του Μουσείου είναι η συλλογή, διαφύλαξη, η τεκμηρίωση, η συντήρηση και η ανάδειξη των ιστορικών ενθυμημάτων του Πανεπιστημίου. Οι συλλογές του απαρτίζονται από προσωπογραφίες καθηγητών του Πανεπιστημίου, βιβλία (συγγράμματα καθηγητών, παλαιές και σπάνιες εκδόσεις) χειρόγραφα, επιστολές, διπλώματα, σπάνια επιστημονικά όργανα (ιατρικής, φυσικής, χημείας, φαρμακολογίας), φωτογραφίες, μετάλλια, σφραγίδες και αναμνηστικά του Πανεπιστημίου. Στην τελευταία κατηγορία ανήκει το Λάβαρο του Πανεπιστημίου, έργο των Ν. Γύζη και Γ. Ιακωβίδη, το οποίο φιλοτεχνήθηκε κατόπιν παραγγελίας, με αφορμή τον εορτασμό των 50 χρόνων λειτουργίας του Πανεπιστημίου (1887).
Δεδομένης της προσφοράς του Πανεπιστημίου Αθηνών στην επιστημονική, πολιτισμική και πολιτική ζωή της χώρας, ειδικά κατά τον 19ο αιώνα, το Μουσείο ξεπερνά τα όρια ενός πανεπιστημιακού μουσείου και μπορεί να χαρακτηρισθεί ως ένα από τα πιο σημαντικά Μουσεία της Νεώτερης Ιστορίας. Η ποικιλία των συλλογών του, μετατρέπει την επίσκεψή του σε μια μαγευτική περιπέτεια στον χώρο της επιστήμης, της τέχνης και της ιστορίας.
