Η συλλογή αυτή, που αποτελεί το μεγαλύτερο και σημαντικότερο τμήμα της έκθεσης του Μουσείου, αποτυπώνει μια πλήρη εικόνα για τον μεγάλο αστικό ανακτορικό πολιτισμό της Κρήτης, καταλαμβάνει δε συνολικά το 55% της έκτασης του εκθεσιακού χώρου.
Η έκθεση των Μινωικών Αρχαιοτήτων περιλαμβάνει διάσημα έργα τέχνης, στα οποία συγκαταλέγονται οι θεές των όφεων και η θεά των μηκώνων, ο δίσκος της Φαιστού, το ρυτό του ταύρου, ο ελεφάντινος ταυροκαθάπτης και η ομώνυμη τοιχογραφία, το χρυσό κόσμημα των μελισσών, τα χρυσά μινωικά δακτυλίδια και το «Δακτυλίδι του Μίνωα», πλήθος σφραγίδων από πολύτιμους λίθους, περίτεχνα λίθινα σκεύη και αντικείμενα μικροτεχνίας, χρυσεπένδυτα όπλα και τα πολύχρωμα καμαραϊκά αγγεία.
Τα αντικείμενα είναι ενταγμένα σε χωροχρονικές και θεματικές ενότητες που αποτυπώνουν όψεις της καθημερινής και δημόσιας ζωής, από το τσουκάλι και τον αργαλειό της νοικοκυράς μέχρι τα μεγάλα συμπόσια και τις αθλητικές εκδηλώσεις, συστήματα γραφειοκρατίας και διοίκησης με τη χρήση γραφών και σφραγισμάτων, τις θρησκευτικές αντιλήψεις και δοξασίες, τις πομπώδεις τελετουργίες των ανακτόρων, σκεύη πολυτέλειας και επίδειξης πλούτου, αλλά και τις ταφικές πρακτικές και τις αντιλήψεις για τη μεταθανάτια ζωή.
