Όπως αναφέρεται στην εγκύκλιο, η πειθαρχική διαδικασία είναι αυτοτελής και ανεξάρτητη από την ποινική ή άλλη δίκη και τονίζεται ότι η ποινική δίκη δεν αναστέλλει την πειθαρχική διαδικασία.
Το πειθαρχικό συμβούλιο, όμως, μπορεί με απόφασή του, η οποία είναι ελευθέρως ανακλητή, να διατάξει για εξαιρετικούς λόγους την αναστολή της πειθαρχικής διαδικασίας, η οποία δεν πρέπει να υπερβαίνει το ένα έτος. Επίσης, αναστολή δεν επιτρέπεται σε περίπτωση που το πειθαρχικό παράπτωμα προκάλεσε δημόσιο σκάνδαλο ή θίγει σοβαρά το κύρος της υπηρεσίας, σύμφωνα με τον Υπαλληλικό Κώδικα.
Σημειώνεται δε ότι η παραγραφή του πειθαρχικού παραπτώματος, η παρέλευση του χρόνου της οποίας οδηγεί στην εξάλειψη του αξιοποίνου, διακόπτεται με την έκδοση πράξεων πειθαρχικής δίωξης του υπαλλήλου (κλήση σε απολογία, παραπομπή). Εάν το πειθαρχικό παράπτωμα αποτελεί συγχρόνως και ποινικό αδίκημα, το πειθαρχικό παράπτωμα δεν παραγράφεται προ της παρέλευσης του χρόνου παραγραφής του αντίστοιχου ποινικού αδικήματος. Οι δε πράξεις της ποινικής διαδικασίας αποτελούν λόγο διακοπής της παραγραφής του πειθαρχικού παραπτώματος. Σε περίπτωση παύσης της ποινικής δίωξης αίρεται η διακοπή της παραγραφής του πειθαρχικού παραπτώματος, με πιθανό τον κίνδυνο παρέλευσης του χρόνου παραγραφής του πειθαρχικού παραπτώματος και μη δυνατότητας απόδοσης τυχόν πειθαρχικής ευθύνης.
Τέλος, στην εγκύκλιο επισημαίνεται ότι σκοπός του συνόλου των ρυθμίσεων του πειθαρχικού δικαίου είναι η ταχεία και αποτελεσματική αντιμετώπιση φαινομένων διαφθοράς και παράνομης συμπεριφοράς που εντοπίζονται στο σώμα της δημόσιας διοίκησης. Ειδικότερα, επί πειθαρχικού παραπτώματος που αποτελεί ταυτόχρονα και ποινικό αδίκημα, η πειθαρχική διαδικασία πρέπει να ολοκληρώνεται άμεσα και να μην αναμένεται η εξέλιξη της πιθανότατα χρονοβόρας ποινικής δίκης.
