Γενικά, οι πρυτάνεις τονίζουν ότι το νομοσχέδιο χαρακτηρίζεται «από υπερ-ρυθμίσεις σε μια σειρά από θέματα, οι οποίες συχνά φθάνουν σε επίπεδο καταστρατήγησης του αυτοδιοίκητου των Πανεπιστημίων» και τονίζουν ότι «η οριζόντια προσέγγιση θα λειτουργήσει αρνητικά στη διαμόρφωση και υλοποίηση της κατάλληλης στρατηγικής ανάπτυξης του κάθε Πανεπιστημίου χωριστά».
Ειδικότερα, οι πρυτάνεις ζητούν, σε συνεργασία με το Υπουργείο Παιδείας, να επανεξεταστούν οι ρυθμίσεις, προκειμένου να ευθυγραμμιστούν με τις κατευθύνσεις που έχουν ορίσει και οι οποίες αφορούν, μεταξύ άλλων, στην ενίσχυση του αυτοδιοίκητου των πανεπιστημίων ως προς τα Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών (ΠΜΣ) και στη συστηματική αξιολόγηση και διασφάλιση ποιότητας των ΠΜΣ, από τις εσωτερικές δομές των Ιδρυμάτων και την Αρχή Διασφάλισης και Πιστοποίησης της Ποιότητας στην Ανώτατη Εκπαίδευση (ΑΔΙΠ).
Η Σύνοδος ζητά τα δίδακτρα των ΠΜΣ, εφόσον υπάρχουν, να καθορίζονται με βάση την αρχή της ανταποδοτικότητας και να ορίζονται από τη Σύγκλητο.
Επίσης, όσον αφορά τους οικονομικά ασθενέστερους φοιτητές, οι πρυτάνεις ζητούν να εξασφαλιστούν από το Υπουργείο πόροι για την παροχή υποτροφιών και παράλληλα, τα πανεπιστήμια να μπορούν να παρέχουν τη δυνατότητα απαλλαγής διδάκτρων σε περίπτωση παροχής ακαδημαϊκών υπηρεσιών από τους φοιτητές.
Ακόμη, όσον αφορά στα ζητήματα ίδρυσης, λειτουργίας και διαχείρισης των ΠΜΣ, αυτά, σύμφωνα με τη Σύνοδο, θα πρέπει «να αντιμετωπίζονται στο πλαίσιο των ιδιαιτεροτήτων και των εσωτερικών διαδικασιών κάθε Ιδρύματος». Έτσι, ζητούν την κατάργηση των διατάξεων που θεωρούν ότι λειτουργούν ως «αντικίνητρα στην ανάπτυξη υψηλής στάθμης μεταπτυχιακών σπουδών», καθώς και η όποια αμοιβή των καθηγητών «να υπόκειται στους γενικούς περιορισμούς που τίθενται από την κείμενη νομοθεσία».
Εξάλλου, όσον αφορά το άσυλο, οι πρυτάνεις ζητούν, σε περιπτώσεις αξιόποινων πράξεων που τελούνται εντός των χώρων των ΑΕΙ να παρεμβαίνει αυτεπάγγελτα η Πολιτεία.
