Η αρχική προϋπόθεση για τη χορήγηση της επιδότησης ήταν η επαγγελματική χρήση των σκαφών, ωστόσο, όπως συχνά συμβαίνει στη χώρα, πολλές ναυτιλιακές εταιρείες συστάθηκαν εικονικά, και τα σκάφη που αποκτήθηκαν μέσω του προγράμματος χρησιμοποιούνταν στην πραγματικότητα για ιδιωτικούς σκοπούς. Μάλιστα, οι εταιρείες αυτές, που είχαν χαρακτηριστεί ως ναυτικές, ήταν αφορολόγητες, με αποτέλεσμα τα σκάφη να είναι και επιδοτούμενα και αφορολόγητα, δημιουργώντας ένα προνομιακό φορολογικό καθεστώς για τους ιδιοκτήτες τους.
Ένας από τους βασικούς όρους του προγράμματος ήταν η απαγόρευση πώλησης των σκαφών για τουλάχιστον πέντε χρόνια μετά την απόκτησή τους. Ωστόσο, πληροφορίες αναφέρουν ότι το σχετικό πλαίσιο έχει πλέον τροποποιηθεί, επιτρέποντας την πώληση των σκαφών νωρίτερα από το προβλεπόμενο διάστημα. Αυτό δίνει τη δυνατότητα σε ορισμένους ιδιοκτήτες να πωλήσουν τα σκάφη τους και να κρατήσουν την επιδότηση, επωφελούμενοι από το κρατικό χρήμα χωρίς να τηρούν τους αρχικούς όρους.
Το γεγονός αυτό δημιουργεί σοβαρά ερωτήματα σχετικά με τη διαφάνεια και τη διαχείριση των ευρωπαϊκών κονδυλίων, καθώς οι ευρωπαίοι φορολογούμενοι, που στήριξαν οικονομικά το πρόγραμμα, πιθανότατα δεν γνωρίζουν ότι τα χρήματά τους κατέληξαν σε ιδιωτικά πολυτελή σκάφη, ενώ ήταν προορισμένα για την ενίσχυση του επαγγελματικού τουρισμού.
