Πλέον, θα είναι δυνατή η μεταφορά του πιστωτικού υπολοίπου προς έκπτωση με τη δήλωση του εγκεκριμένου αποθηκευτή σε διαφορετική τελωνειακή αρχή, όπου η επιχείρηση παρουσιάζει χρεωστικό υπόλοιπο.
Συγκεκριμένα:
Για να τύχει η επιχείρηση της έκπτωσης, πρέπει να υποβάλει αίτηση στην τελωνειακή αρχή της έδρας της επιχείρησης (Τελωνειακή αρχή ελέγχου), δύο εργάσιμες ημέρες πριν τη λήξη της προθεσμίας για την υποβολή της προβλεπόμενης ΔΕΦΚ, στην οποία καταγράφεται:
α) το ποσό ΦΠΑ προς έκπτωση που αφορά τις εισροές της τρέχουσας φορολογικής περιόδου ανά φορολογική αποθήκη,
β) το ποσό ΦΠΑ προς έκπτωση που προέρχεται από προηγούμενες φορολογικές περιόδους και δεν έχει καταστεί δυνατή η έκπτωσή του.
Ξεχωριστά αναφέρονται τα ποσά που πρόκειται να υποβληθούν προς έκπτωση ανά τελωνειακή αρχή που εποπτεύει την εκάστοτε φορολογική αποθήκη οπού παρουσιάζουν χρεωστικό υπόλοιπο.
Οι αρμόδιες τελωνειακές αρχές, με βάση τα στοιχεία που διαθέτουν, μπορούν να αναπροσαρμόζουν τα δηλωθέντα προς έκπτωση ποσά και να ενημερώνουν σχετικά την Τελωνειακή αρχή της έδρας της επιχείρησης, η οποία, μετά την επιβεβαίωση του πιστωτικού υπολοίπου, ενημερώνει, την επόμενη εργάσιμη ημέρα, τις εμπλεκόμενες τελωνειακές αρχές, προκειμένου αυτές να προβούν σε έλεγχο κατά την υποβολή των ΔΕΦΚ.
Μόλις ολοκληρωθεί η διαδικασία και το αργότερο εντός τριών εργάσιμων ημερών μετά το πέρας της προθεσμίας για την κατάθεση της ΔΕΦΚ, οι αρμόδιες τελωνειακές αρχές, ενημερώνουν την τελωνειακή αρχή της έδρας της επιχείρησης, για την έκπτωση που διενεργήθηκε.
Στις τελωνειακές αρχές εποπτείας, τηρούνται ετήσιες συγκεντρωτικές καταστάσεις ανά εγκεκριμένο αποθηκευτή, οπού καταχωρούνται τα ποσά ΦΠΑ για τα οποία έχει γίνει έκπτωση, η δε τελωνειακή αρχή ελέγχου, τηρεί ξεχωριστό αρχείο, ανά εγκεκριμένο προμηθευτή, με τα στοιχεία που αφορούν τη διαδικασία αυτή και πραγματοποιεί τακτικούς ελέγχους για την επιβεβαίωση της ορθής εφαρμογής της διαδικασίας.
