Το θέμα της φοροαπαλλαγής απασχόλησε το Μισθοδικείο το 2013 για πρώτη φορά, μετά από αγωγές δικαστικών Ενώσεων, δικαστών, εισαγγελέων και μελών του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους, το οποίο με την υπ΄ αριθμ. 89/2013 απόφασή του, έκρινε ότι τη φοροαπαλλαγή των βουλευτών τη δικαιούνται και οι δικαστικοί.
Το Μισθοδικείο είχε αποφανθεί ότι το Σύνταγμα καθιερώνει ευθέως την αρχή της διακρίσεως των τριών λειτουργιών (νομοθετικής, εκτελεστικής και δικαστικής), τις οποίες θεωρεί ισοδύναμες και ισότιμες και επαναλαμβάνει παλαιότερες αποφάσεις του, σύμφωνα με τις οποίες οι αποδοχές των τριών αυτών εξουσιών πρέπει να είναι στο ίδιο ύψος και να έχουν την ίδια φορολογική μεταχείριση, ανεξάρτητα εάν αυτή είναι ιδιαίτερη.
Επιπλέον, το Μισθοδικείο είχε κρίνει ότι η πρόβλεψη του Ζ΄/1975 Ψηφίσματος της Ε΄ αναθεωρητικής Βουλής, με την οποία απαλλάσσεται από φόρο το 25% των ακαθαρίστων βουλευτικών αποδοχών (βουλευτική αποζημίωση), ισχύει και για τους δικαστικούς λειτουργούς. Η συγκεκριμένη φοροαπαλλαγή αιτιολογήθηκε ότι αποσκοπεί στην κάλυψη των δαπανών παραστάσεως, κίνησης και επικοινωνιών των βουλευτών.
Το 2017, με το άρθρο 71 του νόμου 4472 καταργήθηκε η επίμαχη φοροαπαλλαγή του 25% επί των συνολικών ακαθάριστων αποδοχών των βουλευτών.
Το άρθρο 71 του νόμου 4472/2017 καταργεί την έκπτωση στη φορολογία που είχαν οι βουλευτές, σύμφωνα με την οποία το 25% των δηλωθέντων εισοδημάτων τους ήταν αφορολόγητο και η κατάργηση αυτή, σημαίνει ότι για τα εισοδήματα που αποκτήθηκαν από την 11η Ιανουαρίου 2017 και μετά, οι βουλευτές και οι δικαστές φορολογούνται όπως οι υπόλοιποι πολίτες.
Το επιχείρημα των δικαστών που προσέφυγαν τώρα στο Μισθοδικείο, είναι ότι η διατύπωση της νομοθετικής διάταξης για την κατάργηση της φοροαπαλλαγής αναφέρεται μόνο σε βουλευτές και όχι σε δικαστές. Κατά συνέπεια, η φοροαπαλλαγή του 25% εξακολουθεί να ισχύει για τους δικαστές.
