Ειδικότερα ο υπουργός Εργασίας και Κοινωνικών Υποθέσεων Γιάννης Βρούτσης θέλοντας να δώσει έμφαση στο θέμα του ΣΕΠΕ και κυρίως στην αποδοτικότητα των ελέγχων του δίνει το χαρτοφυλάκιο αυτό στην Γενική Γραμματέα Εργασίας. Εξάλλου από τις πρώτες ημέρες ανάληψης των καθηκόντων του ο κ. Βρούτσης συναντήθηκε με το ΣΕΠΕ δίνοντας εντολή για ελέγχους κυρίως σε τουριστικές περιοχές.
Στο Προεδρικό Διάταγμα που εκδόθηκε για την κατάργηση και τη σύσταση Γενικών και Ειδικών Γραμματειών (ΠΔ 84/19) στο άρθρο 7 που αφορά το υπουργείο Εργασίας, ορίζεται ξεκάθαρα η συγκεκριμένη κατάργηση. Ειδικότερα, η νέα Γενική Γραμματέας Εργασίας Άννα Στρατινάκη, αναλαμβάνει την ευθύνη για τη λειτουργία του ΣΕΠΕ, όπως επίσης και της Γενικής Διεύθυνσης Εργασιακών Σχέσεων, Υγείας και Ασφάλειας στην Εργασία, της Διεύθυνσης Κοινωνικής και Αλληλέγγυας Οικονομίας και της Γενικής Γραμματείας Διαχείρισης Κοινοτικών και Άλλων Πόρων.
Αντίδραση για το θέμα υπήρξε από τη Ενωτική Αγωνιστική Κίνηση (ΕΑΚ) της ΓΣΕΕ υπογραμμίζοντας ότι με την πρωτοβουλία της κατάργησης της Ειδικής Γραμματείας του ΣΕΠΕ «η νέα Κυβέρνηση δείχνει ξεκάθαρα τις αντεργατικές της προθέσεις και τη συμμόρφωση της με τις εντολές του ΣΕΒ και των εργοδοτών. Λειτουργώντας ως τροχονόμος της εργοδοσίας, υποβαθμίζει την αυτοτέλεια και την όποια ανεξαρτησία του ΣΕΠΕ (κάτι στο οποίο ακόμα και η Τρόικα είναι αντίθετη) προκειμένου στη συνέχεια να αφήσει ελεύθερους τους εργοδότες να παραβιάζουν κατά συρροή την εργασιακή νομοθεσία χωρίς ελέγχους, χωρίς καμία εποπτεία στην αγορά εργασίας, χωρίς καμιά προστασία των εργαζομένων. Προφανώς για τον Υπουργό Εργασίας, όλα αυτά σημαίνουν επιστροφή στην κανονικότητα».
