Για την υπόθεση, διενήργησε έρευνα η επίκουρη εισαγγελέας Διαφθοράς, Πόπη Παπανδρέου, με αφορμή πόρισμα του Σώματος Επιθεωρητών Δημόσιας Διοίκησης, το οποίο διαπίστωσε ότι το ΤΑΥΤΕΚΩ πλήρωνε χρήματα για δήθεν παθήσεις ασφαλισμένων του, οι οποίοι, στην πραγματικότητα, δεν τα δικαιούνταν. Στο πόρισμα αναφέρονταν ως ενδεικτικό παράδειγμα ποσό 900 ευρώ, που καταβλήθηκε σε ένα τρίμηνο για ενέσεις οστεοπόρωσης.
Σε βάρος των εννέα εμπλεκομένων στην υπόθεση έχει ασκηθεί δίωξη για απάτη σε βάρος του Δημοσίου από κοινού και κατ΄εξακολούθηση, με τις επιβαρυντικές περιστάσεις που ορίζει ο νόμος 1608/50 περί καταχραστών δημοσίου χρήματος.
Οι συγκεκριμένοι κατηγορούμενοι φέρονται να είχαν ιδιοποιηθεί ποσά που ξεπερνούν τις 150.000 ευρώ, το 2012, όχι μόνο μέσω των ψευδών διαγνώσεων σε μη πάσχοντες ασφαλισμένους αλλά και μέσω «διπλοείσπραξης» ενταλμάτων πληρωμών.
Σημειώνεται ότι η έρευνα για την υπόθεση του ΤΑΥΤΕΚΩ επικεντρώθηκε σε ένα τρίμηνο του 2012, καθώς τα αρχεία του Ταμείου, που στεγάζεται στην Χαριλάου Τρικούπη, κάηκαν μετά από φωτιά που ξέσπασε στον τρίτο όροφο, όπου βρίσκονταν. Το περιστατικό η Πυροσβεστική το θεωρεί εμπρησμό.
