Καθυστερήσεις όμως, που οφείλονται σε γραφειοκρατικές διαδικασίες, αλλά και η ίδια η οικονομική κρίση, έχουν προκαλέσει προβλήματα και προκαλούν εμπόδια στην αποπληρωμή των προγραμμάτων που φτάνει έως και την τριετία. Χαρακτηριστικό των καθυστερήσεων είναι ότι ενώ «τρέχει» το 2017, αποπληρώνονται ακόμα προγράμματα του 2013.
Ο ΟΑΕΔ που υλοποιεί τα προγράμματα του ΛΑΕΚ τα διαχωρίζει σε εκείνα που αφορούν ενδοεπιχειρησιακή κατάρτιση και σε όσα για την ολοκλήρωσή τους, γίνεται αξιοποίηση των ΚΕΚ. Τα προγράμματα επίσης διαχωρίζονται ανάλογα με τον αριθμό των εργαζόμενων στις επιχειρήσεις (1-24 και άνω των 25). Τα προγράμματα πραγματοποιούνται αφού πρώτα καταβληθεί η εισφορά (0,24%) από τους εργοδότες.
Σήμερα, ο ΛΑΕΚ χρηματοδοτεί τέσσερα προγράμματα. Δύο κατάρτισης, ένα για μικρές κι ένα για μεγαλύτερες επιχειρήσεις, και δύο επιδότησης της απασχόλησης τα οποία προκηρύχθηκαν πρόσφατα, με στόχο την επιδότηση της εργασίας 15.000 κυρίως μεγάλης ηλικίας (άνω των 50), μακροχρόνια ανέργων.
Η ίδια η διαδικασία υλοποίησής τους, προκαλεί καθυστερήσεις στα προγράμματα που φτάνουν τη διετία. Ο λόγος είναι ότι πρέπει ο ΟΑΕΔ να ελέγξει μέσω του ΙΚΑ, εάν όντως έχουν καταβληθεί τα ποσά των εισφορών που βεβαιώθηκαν. Διαδικασία ιδιαίτερα χρονοβόρα που συχνά παρουσιάζει προβλήματα. Επίσης, εάν μεσολαβούν ΚΕΚ για την ολοκλήρωση των προγραμμάτων, πρέπει υποχρεωτικά πρώτα να πληρωθούν, από τις ίδιες της επιχειρήσεις, για να καταβάλλει στη συνέχεια ο ΟΑΕΔ, το αντίτιμο που τους αναλογεί. Σημαντικές καθυστερήσεις προκύπτουν και σε επιχειρήσεις που πραγματοποιούν μεγάλο αριθμό προγραμμάτων, αφού η εκκαθάρισή τους, πολλές φορές καθυστερεί με δική τους υπαιτιότητα.
Στα προγράμματα που εκπονούνται για επιχειρήσεις έως 24 εργαζομένων οι καθυστερήσεις κινούνται στα όρια της διετίας. Προβλήματα παρουσιάζονται σε αυτή την περίπτωση, όταν τα προγράμματα υλοποιούνται μέσα από εργοδοτικούς ή επιστημονικούς φορείς (πχ επιμελητήρια, βιοτεχνικές ενώσεις). Εκεί το κυριότερο πρόβλημα είναι η αδυναμία των φορέων, λόγω έλλειψης ρευστότητας να καταβληθεί το αντίτιμο που έχει συμφωνηθεί με τα ΚΕΚ.
