Συγκεντρώνει όμως την προσοχή του στην μυστική θεωρία των μοναχών της ερήμου και στην φροντίδα της μικρής αδελφής του. Γρήγορα αποφασίζει να εγκαταλείψει τα εγκόσμια και αναχωρεί για την έρημο, αφού πρώτα τακτοποίησε την μικρότερη αδελφή του και μοίρασε την μεγάλη πατρική περιουσία στους φτωχούς της περιοχής του.
Στην έρημο παίδευσε την ψυχή του και τιθάσευσε τα πάθη του φθάνοντας στα ανώτατα όρια της άσκησης ώστε η ψυχή του αγίου μπορούσε να εξέρχεται του σώματός του ενώ βρισκόταν ακόμη εν ζωή. Γίνεται το πρότυπο των ασκητών. Πολλοί εξ αυτών έφθαναν στην έρημο για να τον ακούσουν και να τον συμβουλευθούν. Παρέδωσε την μακάρια ψυχή του στον μισθαποδότη Θεό σε ηλικία 105 ετών.
Αν και, όπως λέγει ο Μέγας Αθανάσιος, μία από τις τελευταίες επιθυμίες του Οσίου Αντωνίου ήταν να μείνει κρυφός ο τόπος της ταφής του, οι μοναχοί που μόναζαν κοντά του έλεγαν ότι κατείχαν το ιερό λείψανό του, το οποίο επί Ιουστινιανού (561 μ.Χ.), κατατέθηκε στην Εκκλησία του Αγίου Ιωάννου του Προδρόμου στην Αλεξάνδρεια και από εκεί αργότερα, το 635 μ.Χ., μεταφέρθηκε στην Κωνσταντινούπολη.
Η Σύναξή του ετελείτο στη Μεγάλη Εκκλησία.
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος δ’.
Τόν ζηλωτήν Ἠλίαν τοῖς τρόποις μιμούμενος, τῷ Βαπτιστῇ εὐθείαις ταῖς τρίβοις ἑπόμενος, Πάτερ Ἀντώνιε, τῆς ἐρήμου γέγονας οἰκιστής, καί τήν οἰκουμένην ἐστήριξας εὐχαῖς σου· διό πρέσβευε Χριστῷ τῷ Θεῷ, σωθῆναι τάς ψυχάς ἡμῶν.
Κοντάκιον
Ἦχος β’. Τά ἄνω ζητῶν
Τούς βιωτικούς θορύβους ἀπωσάμενος, ἡσυχαστικῶς τόν βίον ἐξετέλεσας, τόν Βαπτιστήν μιμούμενος, κατά πάντα τρόπον Ὁσιώτατε. Σύν αὐτῷ οὖν σέ γεραίρομεν, Ἀντώνιε Πάτερ, τῶν Πατέρων κρηπίς.
