Με τη ρύθμιση αυτή, όπως τονίζεται στην αιτιολογική έκθεση του νομοσχεδίου, καταργείται το καθεστώς υπαγωγής αυτής και του ελεγκτή νομιμότητας στην Αποκεντρωμένη Διοίκηση, καθεστώς που διαστρέβλωσε την ουσία και τις πραγματικές διαστάσεις του ελέγχου νομιμότητας, εκτρέποντάς τον, πλείστες όσες φορές, σε έλεγχο σκοπιμότητας και όργανο ποδηγέτησης της Τοπικής Αυτοδιοίκησης από την Κεντρική Διοίκηση.
Η Αυτοτελής Υπηρεσία Εποπτείας των ΟΤΑ (ΑΥΕ) έχει διοικητική αυτοτέλεια, δικά της διοικητικά όργανα, τα οποία έχουν αποφασιστική αρμοδιότητα και δικό της προσωπικό, που διακρίνεται από το υπόλοιπο προσωπικό του ίδιου υπουργείου.
Προϊστάμενος της Υπηρεσίας είναι ο Ελεγκτής Νομιμότητας, ο οποίος είναι ανώτατος υπάλληλος που διορίζεται με απόφαση του υπουργείου Εσωτερικών με πενταετή θητεία, η οποία μπορεί να ανανεώνεται για μία φορά. Ο Ελεγκτής Νομιμότητας ασκεί τον έλεγχο νομιμότητας και τον πειθαρχικό έλεγχο των αιρετών και των υπαλλήλων της ΑΥΕ.
Τα προσόντα που απαιτούνται για διορισμό στη θέση του Ελεγκτή Νομιμότητας είναι: πτυχίο νομικού τμήματος ΑΕΙ, είτε διδακτορικό είτε μεταπτυχιακό δίπλωμα ελληνικού ΑΕΙ ή ισότιμο αλλοδαπής, είτε πενταετής δικηγορική εμπειρία ή προϋπηρεσία συναφές με τη θέση αντικείμενο και άριστη ή πολύ καλή γνώση μιας τουλάχιστον ξένης γλώσσας.
Υποψηφιότητα για τη θέση μπορεί να υποβάλλει και μόνιμος δημόσιος υπάλληλος, κάτοχος πτυχίου νομικού πτυχίου, με άριστη ή πολύ καλή γνώση μιας τουλάχιστον ξένης γλώσσας, ο οποίος έχει ασκήσει καθήκοντα προϊσταμένου Γενικής Διεύθυνσης ή Διεύθυνσης.
Προς αποφυγή λαθών του παρελθόντος, αναμένεται να συνταχθεί «κανονισμός διαδικασιών ελέγχου των αποφάσεων ΟΤΑ» με στόχο την τυποποίηση των αποφάσεων των ελεγκτών. Οι 13 ελεγκτές νομιμότητας θα έχουν πεπερασμένο αριθμό αποφάσεων. Για το πρώτο χρόνο λειτουργίας οι 13 ΑΥΕ θα στελεχωθούν από προσωπικό που την 1-5-2015 απασχολούνταν με αυτό το αντικείμενο στις υπηρεσίες των Αποκεντρωμένων Διοικήσεων, από μετατάξεις προσωπικού από δήμους και περιφέρειες και από υπηρεσίες του υπουργείου.
