Τρία είναι τα επικρατέστερα μέχρι στιγμής σενάρια σχετικά με τη νέα παραλλαγή, σύμφωνα με το "Science":
* Να κυκλοφορεί εδώ και καιρό (ίσως από το 2020) μεταξύ ενός πληθυσμού ανθρώπων με μικρή επιδημιολογική επιτήρηση, μεταδιδόμενη αργά κάτω από τα "ραντάρ" των επιστημόνων, γι' αυτό πέρασε απαρατήρητη.
* Να "μαγειρεύτηκε" αθόρυβα στον οργανισμό κάποιου χρονίως πάσχοντα ανοσοκατεσταλμένου ασθενούς, π.χ. με HIV/AIDS, όπου είχε χρόνο για να συσσωρεύσει μεταλλάξεις.
* Να κρυβόταν σε κάποιο ζώο από όπου πρόσφατα "πήδηξε" ξαφνικά στους ανθρώπους.
Η επιστημονική κοινότητα είναι βέβαιη ότι η Όμικρον δεν προήλθε από κάποια από τις προηγούμενες παραλλαγές, όπως η 'Αλφα και η Δέλτα. Αντίθετα, φαίνεται να εξελίχτηκε παράλληλα με αυτές και στο 'σκοτάδι'. Είναι τόσο διαφορετική από τα γονιδιώματα των άλλων παραλλαγών, που ο εντοπισμός του πλησιέστερου "συγγενούς" της είναι πολύ δύσκολος, σύμφωνα με την ιολόγο Έμμα Χόντκροφτ του ελβετικού Πανεπιστημίου της Βέρνης. Όπως εκτιμά, η Όμικρον "διαχωρίστηκε νωρίς από τα άλλα στελέχη, κάτι που μπορεί να συνέβη στα μέσα του 2020".
Με άλλα λόγια, για πάνω από ένα χρόνο κάπου μπορεί να "κρυβόταν". Ο κορυφαίος Γερμανός ιολόγος Κρίστιαν Ντρόστεν του Πανεπιστημιακού Νοσοκομείου Charite του Βερολίνου θεωρεί πιθανότερο το πρώτο σενάριο. Όπως εκτιμά, "η Όμικρον δεν εξελίχτηκε στη χώρα της Νότιας Αφρικής όπου γίνεται πολλή γενετική ανάλυση δειγμάτων, αλλά κάπου αλλού στη νότια Αφρική στη διάρκεια του χειμωνιάτικου επιδημικού κύματος. Υπήρξαν πολλές μολύνσεις που συνέβησαν για πολύ καιρό και για να αναπτυχθεί αυτό το είδος του ιού, χρειάζεται πραγματικά τεράστια εξελικτική πίεση".
'Αλλοι επιστήμονες, όπως ο δρ 'Αντριου Ραμπό του σκωτσέζικου Πανεπιστημίου του Εδιμβούργου, δεν πιστεύουν ότι είναι δυνατό η Όμικρον να παρέμεινε για τόσο πολύ καιρό κρυμμένη σε μια ομάδα ανθρώπων. Όπως λέει, "δεν είμαι βέβαιος ότι υπάρχει πραγματικά κάποιο μέρος στον κόσμο αρκετά απομονωμένο, ώστε ένας τέτοιου είδους ιός να μεταδίδεται για τόσο χρόνο, χωρίς να γίνει αντιληπτός σε διάφορα μέρη".
Γι' αυτό, ο Ρεμπό και άλλοι αντιτείνουν ότι η Όμικρον πιθανότερα αναπτύχθηκε σε έναν μοναδικό ασθενή με χρόνια λοίμωξη Covid-19, ο οποίος ταυτόχρονα είχε εξασθενημένο/κατασταλμένο ανοσοποιητικό σύστημα λόγω άλλης πάθησης ή λήψης φαρμάκου, πιθανώς κάποιος άνθρωπος με τον ιό HIV που προκαλεί AIDS. Σύμφωνα με τον λοιμωξιολόγο Ρίτσαρντ Λέσελς του νοτιοαφρικανικού Πανεπιστημίου του Κβα-Ζούλου-Νατάλ, "τα στοιχεία που υποστηρίζουν κάτι τέτοιο, γίνονται ολοένα πιο ισχυρά".
Ο Ντρόστεν όμως θεωρεί ότι η έως τώρα εμπειρία με τις χρόνιες λοιμώξεις από γρίπη και άλλους ιούς σε ανοσοκατεσταλμένους ασθενείς δεν υποστηρίζει αυτή την υπόθεση για την εμφάνιση της Όμικρον. Όπως λέει, όντως παραλλαγές που διαφεύγουν της ανοσιακής προστασίας, εμφανίζονται σε αυτούς τους ανθρώπους, αλλά μαζί με άλλες αλλαγές που τους καθιστούν λιγότερο πιθανούς μεταδότες από άνθρωπο σε άνθρωπο. "Αυτοί οι ιοί έχουν πολύ μικρή καταλληλότητα για τον πραγματικό κόσμο", σύμφωνα με τον Ντρόστεν. Με την εκτίμηση του συμφωνεί η εξελικτική βιολόγος Τζέσικα Μέτκαλφ του Ινστιτούτου Προωθημένων Μελετών του Βερολίνου.
Κάποιοι άλλοι επιστήμονες προτιμούν το τρίτο σενάριο: ότι η Όμικρον κρυβόταν σε τρωκτικά ή άλλα ζώα παρά σε ανθρώπους (έναν ή πολλούς). Όπως λέει ο καθηγητής ανοσολογίας και μικροβιολογίας Κρίστιαν 'Αντερσεν του αμερικανικού Ινστιτούτου Ερευνών Scripps, "το γονιδίωμα της Όμικρον είναι τόσο παράξενο", εμφανίζοντας ένα ασυνήθιστο μίγμα μεταλλάξεων, πολλές από τις οποίες δεν υπήρξαν σε καμία προηγούμενη παραλλαγή του κορονοϊού, κάτι που, κατά τον ίδιο, συνηγορεί ότι αυτές εμφανίστηκαν μέσα σε κάποιο ζώο ξενιστή.
"Είναι πραγματικά ενδιαφέρον πόσο τρελά διαφορετική είναι η Όμικρον", δήλωσε και ο εξελικτικός βιολόγος Μάικ Γουορομπέι του Πανεπιστημίου της Αριζόνα, ο οποίος προτιμά το δεύτερο σενάριο της προέλευσης από έναν ανοσοκατεσταλμένο ασθενή, αλλά χωρίς να αποκλείει και το τρίτο σενάριο.
Ο Έλληνας εξελικτικός βιολόγος 'Αρης Κατζουράκης του Πανεπιστημίου της Οξφόρδης εκτιμά ότι είναι πολύ νωρίς για να αποκλείσει κανείς οποιαδήποτε θεωρία για την καταγωγή της Όμικρον, αν και ο ίδιος είναι ιδιαίτερα σκεπτικιστής σχετικά με το τρίτο σενάριο περί ζώων.
