Μετά το τέλος της κυριαρχίας των Πτολεμαίων, η Αίγυπτος βρέθηκε σε μια ταραχώδη μεταβατική περίοδο. Ο Χριστιανισμός «μεταφέρθηκε» στην πρώην γη των Φαραώ από τον Άγιο Μάρκο τον Ευαγγελιστή γύρω στο 49 μ.Χ..
Ο Χριστιανισμός έγινε πιο διαδεδομένος υπό την ηγεσία του Επισκόπου Δημητρίου της Αλεξάνδρειας σχεδόν 200 χρόνια αργότερα, αν και οι οπαδοί του αντιμετώπισαν διωγμούς υπό τη ρωμαϊκή κυριαρχία μέχρι που ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος τον ανακήρυξε θρησκεία του κράτους το 312 μ.Χ..
Οι θεολόγοι συρρέουν στην Αλεξάνδρεια για αιώνες, αν και ο ανταγωνισμός με τη νεότερη χριστιανική πρωτεύουσα της Κωνσταντινούπολης, μαζί με τις διαμάχες για το θρησκευτικό δόγμα, οδήγησε τους Αιγύπτιους Κόπτες Χριστιανούς να αποσχιστούν από τη Ρωμαιοκαθολική Εκκλησία και την Ελληνορθόδοξη Εκκλησία κατά τον 5ο αιώνα μ.Χ..
Η κοπτική τέχνη και ο πολιτισμός συνέχισαν να ακμάζουν παρά τη ρήξη.
Κατά την ανασκαφή στην περιοχή Al-Ruba'iyat της τοποθεσίας Al-Qalaye στο Hosh Issa, οι αρχαιολόγοι ανακάλυψαν αυτό που θεωρείται πλέον ένα από τα παλαιότερα μοναστήρια της Αιγύπτου, που χρονολογείται από τον 5ο αιώνα.
Τα μοναστήρια άρχισαν να μετατρέπονται σε επίκεντρα χριστιανικής μάθησης, ανοίγοντας τις πόρτες τους στους επισκέπτες και απομακρύνοντας τον μερικές φορές βάναυσο ασκητισμό που ακολουθούσαν οι πρώτοι μοναχοί, ο οποίος απαιτούσε απομόνωση και ακραία πειθαρχία.
Καθώς οι αρχαιολόγοι έσκαβαν στη σκόνη και την άμμο, τα ερείπια του μοναστηριού στο Al-Qalaye αποκάλυψαν δεκατρία δωμάτια χωρισμένα με αρχιτεκτονικές καμάρες, συμπεριλαμβανομένων ατομικών και κοινόχρηστων χώρων για μοναχούς, κουζίνας και αποθηκευτικών χώρων, και μεγαλύτερων αιθουσών που χρησιμοποιούνταν για διδασκαλία και φιλοξενία.
Η αρχαιολογική ομάδα παρατήρησε επίσης ότι είχαν γίνει αρκετές προσθήκες στο κτίριο καθώς η εξέλιξή του συνεχιζόταν με την πάροδο του χρόνου.
Προηγούμενες αρχαιολογικές αποστολές στο χώρο είχαν επίσης βρει συστάδες μοναστικών κελιών ή «manshubiyat» μαζί με κτίρια υπηρεσιών και κεραμικά. Το μοναστήρι έσφυζε από δραστηριότητα στην ακμή του.
Με επικεφαλής τον αρχαιολόγο Samir Rizq Abdel-Hafez, το ανασκαφικό έργο βρήκε μια ευρύχωρη αίθουσα στο βόρειο άκρο, με πέτρινους πάγκους διακοσμημένους με φυτικά μοτίβα, οι οποίοι πιθανότατα χρησιμοποιούνταν για την υποδοχή επισκεπτών. Στην καρδιά του συγκροτήματος υπήρχε μια ιερή αίθουσα προσευχής που σηματοδοτούνταν από έναν σταυρό από ασβεστόλιθο.
Οστά πτηνών και άλλων ζώων, κοχύλια και κεραμικά σκεύη που προορίζονταν για την αποθήκευση τροφίμων έδειχναν τι έτρωγαν οι μοναχοί σε καθημερινή βάση. Οι μοναχοί πέρασαν όλη τους τη ζωή ασκώντας την ευλάβεια. Πιθανότατα θάφτηκαν επίσης στο σημείο, όπως αποδεικνύεται από μια ταφόπλακα σκαλισμένη από ασβεστόλιθο με μια κοπτική επιγραφή που γράφει «Apa Kyr, υιός του Shenouda».
Ο Hisham El-Leithy, Γενικός Γραμματέας του Ανώτατου Συμβουλίου Αρχαιοτήτων, θεωρεί ότι το μοναστήρι παρέχει περαιτέρω γνώσεις για την κοπτική τέχνη και αρχιτεκτονική.
Μια άλλη αποστολή του Συμβουλίου είχε προηγουμένως ανακαλύψει ένα παλαιότερο αρχιτεκτονικό συγκρότημα από την περίοδο που η Αίγυπτος μετατράπηκε από τον παγανισμό στον Χριστιανισμό.
