Μετά την αφυπηρέτησή της από το Υπουργείο Πολιτισμού διετέλεσε Διευθύντρια του Μουσείου της Πόλεως των Αθηνών - Ιδρύματος Βούρου-Ευταξία.
Για την απώλεια της αρχαιολόγου, η υπουργός Πολιτισμού και Αθλητισμού, Λίνα Μενδώνη δήλωσε τα εξής:
«Με απεριόριστο σεβασμό στο έργο, στην προσωπικότητα και στο ήθος της, αποχαιρετούμε την Αγλαΐα Αρχοντίδου, μια εξαίρετη επιστήμονα, έναν υπέροχο άνθρωπο. Έχοντας λάβει στιβαρές αρχές και παιδεία από την οικογένειά της, από τον πατέρα της, τον διακεκριμένο φιλόλογο Βασίλειο Αρχοντίδη, η Αγλαΐα, πέρα των σπουδών της στην Αρχαιολογία, εξειδικεύτηκε στη Μουσειολογία και την Ενάλια Αρχαιολογία. Υπηρέτησε το Υπουργείο Πολιτισμού και την Αρχαιολογική Υπηρεσία από πολλές θέσεις ευθύνης.
Κυρίως, όμως, διακρίθηκε ως Εφορος Αρχαιοτήτων για το αρχαιολογικό της έργο στα νησιά του βορειοανατολικού Αιγαίου, τη Λήμνο, τη Λέσβο, τη Χίο, τα Ψαρά. Η Αγλαΐα -έχοντας στο πλευρό της πολύτιμο συμπαραστάτη στο έργο της τον σύζυγό της Παντελή Αργύρη- διαμόρφωσε το πολιτιστικό τοπίο στα νησιά, που τόσο αγάπησε, με έργα προστασίας, αποκατάστασης και ανάδειξης των αρχαιολογικών τους χώρων, ενώ παράλληλα ίδρυσε νέα μουσεία και επένδυσε σε επανεκθέσεις των παλαιότερων. Μετά την αφυπηρέτησή της από το Υπουργείο Πολιτισμού διετέλεσε Διευθύντρια του Μουσείου της Πόλεως των Αθηνών - Ιδρύματος Βούρου-Ευταξία.
Η Αγλαΐα Αρχοντίδου υπήρξε πρωτοπόρος στο άνοιγμα της πολιτιστικής κληρονομιάς στο ευρύ κοινό και στην ένταξή τους στην καθημερινότητα των νησιωτών. Με πάντοτε ανοιχτή ματιά και καινοτόμες ιδέες, εθήτευσε για πολλά χρόνια ως Πρόεδρος του Συλλόγου Ελλήνων Αρχαιολόγων. Με σεβασμό στις προσωπικές της αξίες, αλλά και στις αρχές της επιστήμης της Αρχαιολογίας, επιδεικνύοντας απεριόριστο και ανυπόκριτο σεβασμό στη δεοντολογία και τους θεσμούς, λειτούργησε υπέρ της ουσιαστικής προστασίας των μνημείων, μακριά από προσωπικές ατζέντες και κομματικές εξυπηρετήσεις.
Διεκδικούσε πάντα με σθένος και ήθος τα αιτήματα του κλάδου της και έχαιρε της ιδιαίτερης εκτίμησης των συναδέλφων και των πολιτικών της προϊσταμένων. Αν και τον τελευταίο καιρό η κατάσταση της υγείας της δεν της επέτρεπε να παρακολουθεί εκ του σύνεγγυς τα τεκταινόμενα στο χώρο της, διατηρούσε αμείωτο το ενδιαφέρον της για τις νέες αρχαιολογικές έρευνες και για τα έργα ανάδειξης του μνημειακού αποθέματος των νησιών της. Η απώλειά της είναι δυσαναπλήρωτη. Στην οικογένειά της, στη μοναχοκόρη της Άννα και στις εγγονές της, εκφράζω την αγάπη και τα ειλικρινή μου συλλυπητήρια».
