Η Εισαγγελία πρωτοδικών της Αθήνας, που είχε στα χέρια της τα πορίσματα των δύο αντεισαγγελέων του Αρείου Πάγου που διενεργούσαν την έρευνα, τάχθηκε με την κρίση του κ. Ευ. Ζαχαρή και άσκησε σε βάρος της κ. Τουλουπάκη, δίωξη για:
Κατάχρηση εξουσίας (κακούργημα), παράβαση καθήκοντος κατ εξακολούθηση, ψευδή βεβαίωση κατ’ εξακολούθηση, παραβίαση δικαστικού απορρήτου και παράβαση του νόμου περί προσωπικών δεδομένων (πλημμελήματα). Η δικογραφία έχει ήδη διαβιβαστεί προκειμένου να χρεωθεί σε ανακριτή.
Παράλληλα από την εισαγγελία Πρωτοδικών διατάχθηκε προκαταρκτική εξέταση με βάση τα περιγραφόμενα στο πόρισμα του δεύτερου αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Λάμπρου Σοφουλάκη, για τον αντεισαγγελέα του Αρείου Πάγου Ι. Αγγελή, την τέως επικεφαλής της εισαγγελίας Διαφθοράς Ελένη Ράικου, οι οποίοι είχαν εξεταστεί τόσο κατά τη διάρκεια της προκαταρτικής ενώπιον του Αρείου Πάγου όσο και ενώπιον της Βουλής για την «υπόθεση Παπαγγελόπουλου», όπως επίσης για τους κατηγορούμενους στην υπόθεση της Novartis Νικο Μανιαδάκη και Κων. Φρουζή.
Για τους επίκουρος εισαγγελείς Χρ. Ντζούρα και Στ. Μανωλη ο φάκελος μπαίνει στο αρχείο καθώς και οι δυο ανώτατοι εισαγγελικοί λειτουργοί αναφέρουν στα πορίσματά τους ότι δεν προκύπτουν στοιχεία σε βάρος τους.
