Μετά από διαδικασία πολλών μηνών, υπέβαλε ενώπιον του Τριμελούς Εφετείου Κακουργημάτων την πρόταση της για τους 32 κατηγορούμενους η εισαγγελέας Έδρας Ελευθερία Παντελάκη, η οποία ζήτησε ενοχή για τους θεωρούμενους ως πρωταγωνιστές της υπόθεσης για τα αδικήματα - κατά περίπτωση- της νομιμοποίησης εσόδων από παράνομες δραστηριότητες και της δωροδοκίας.
Ανάμεσα στα πρόσωπα που η εισαγγελική λειτουργός κρίνει ότι πρέπει να κηρυχθούν ένοχοι είτε σύμφωνα με το κατηγορητήριο είτε για ορισμένες από τις πράξεις που τους αποδίδονται, είναι ο επιχειρηματίας Αλέξανδρος Αβατάγγελος, ο εφοπλιστής Μιχάλης Ματαντός, το τότε στέλεχος του υπουργείου Άμυνας Αντώνης Κάντας , ο συνεργάτης του κ. Τσοχατζόπουλου Ιωάννης Μπέλτσιος, οι τραπεζικοί Φάνης Λυγινός και Ζαν Κλοντ Όσβαλντ, ο έμπορος όπλων Παναγιώτης Ευσταθίου, ο δικηγόρος Σπύρος Μεταξάς κ.α
Αντίθετα η εισαγγελική εκτίμηση για ορισμένους εκ των κατηγορουμένων ήταν ότι δεν προέκυψαν στοιχεία ενοχής τους. Έτσι η κ. Παντελάκη ζήτησε μεταξύ άλλων, την απαλλαγή του επιχειρηματία Πάνου Γερμανού και των στελεχών της εταιρίας του, SUNLIGHT, που κάθονται στο εδώλιο για το σκέλος που αφορά αντισταθμιστικά οφέλη από τη σύμβαση. Κατά την εισαγγελέα η εταιρία υλοποίησε τις υποχρεώσεις της, που σχετίζονταν με εξαγωγή συσσωρευτών, «προς όφελος του Ελληνικού Δημοσίου, ενισχύοντας την αμυντική βιομηχανία». Αντίστοιχα απαλλακτική ήταν η εισήγηση της και για τον, επί υπουργίας Γιάννου Παπαντωνίου, επικεφαλής της Διεύθυνσης Εξοπλισμών του ΥΠΕΘΑ, Σπύρο Τραυλό ο οποίος το 2003 τροποποίησε την αρχική σύμβαση ΑΩ ( αντισταθμιστικών ωφελημάτων) αντικαθιστώντας το πρόγραμμα κατασκευής στα Ναυπηγεία Σκαραμαγκά δύο super fast πλοίων, με άλλο πρόγραμμα το οποίο αφορούσε την εταιρία του Πάνου Γερμανού.
Σύμφωνα με το κατηγορητήριο, για την υπόθεση των υποβρυχίων διακινήθηκαν παράνομα ποσά που ξεπερνούν τα 60 εκατομμύρια ευρώ.
