Το Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Δ.Π.Μ.Σ.) με τίτλο «Λογιστική και Ελεγκτική» μεταξύ των Τμημάτων Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του Πανεπιστημίου Μακεδονίας και Λογιστικής και Χρηματοοικονομικής του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Διοίκηση Επιχειρήσεων Φιλοξενίας και Τουρισμού», του Τμήματος Διοίκησης Επιχειρήσεων και Τουρισμού της Σχολής Επιστημών Διοίκησης και Οικονομίας του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ηλεκτρονικά Συστήματα Τηλεπικοινωνιών και Αυτοματισμών» του Τμήματος Ηλεκτρονικών Μηχανικών της Σχολής Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.
Το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Ενεργειακά Συστήματα» μεταξύ των Τμημάτων Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών (ΗΜΜΥ) και Μηχανολόγων Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Γεωπεριβαλλοντικοί Πόροι και Κίνδυνοι» (Geoenvironmental Resources and Risks) του Τμήματος Ηλεκτρονικών Μηχανικών, ως επισπεύδον Τμήμα, της Σχολής Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Εφαρμοσμένη Επιστήμη και Τεχνολογία στη Γεωπονία» του Τμήματος Γεωπονίας της Σχολής Γεωπονικών Επιστημών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών με τίτλο «Μηχανικών Πληροφορικής - Informatics Engineering» του Τμήματος Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών της Σχολής Μηχανικών του Ελληνικού Μεσογειακού Πανεπιστημίου.
