Συγκεκριμένα ορίζεται ότι προγράμματα μεταπτυχιακών σπουδών (ΠΜΣ) που θα λειτουργήσουν το ακαδημαϊκό έτος 2017-2018 μπορεί να ακολουθήσουν τη διαδικασία ίδρυσης ή επανίδρυσης. Σε κάθε περίπτωση για τη λειτουργία και εγγραφή φοιτητών σε ΠΜΣ κατά το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 είναι αναγκαία η ίδρυση νέων ή επανίδρυση των ήδη υφιστάμενων προγραμμάτων.
Από τα ως άνω προκύπτει ότι το ακαδημαϊκό έτος 2017-2018 είναι μεταβατική περίοδος κατά την οποία τα υφιστάμενα ΠΜΣ οργανώνονται και λειτουργούν σύμφωνα με τις ισχύουσες κατά τη δημοσίευση του ν. 4485/17 διατάξεις, εκτός αν τα Τμήματα επιλέξουν να ιδρύσουν ή επανιδρύσουν ΠΜΣ, οπότε και εφαρμόζονται οι νέες διατάξεις. Επομένως, ως προς τα υφιστάμενα ΠΜΣ (κι εφόσον δεν επιλέξουν την επανίδρυση, σύμφωνα με τα ανωτέρω) για το τρέχον ακαδημαϊκό έτος 2017-2018, ως προς τα όργανα των ΠΜΣ, τις αμοιβές διδασκόντων, κατανομές πόρων, ελάχιστο αριθμό διδασκόντων από το οικείο Τμήμα κλπ, εφαρμόζονται οι ισχύουσες κατά τη δημοσίευση του ν. 4485/17 διατάξεις.
Από το ακαδημαϊκό έτος 2018-2019 και εφεξής δεν γίνεται τέτοια διάκριση, αλλά εφαρμόζονται στο σύνολό τους οι διατάξεις του ν. 4485/2017 που αφορούν σε σπουδές δεύτερου κύκλου, με εξαίρεση τις προϊσχύουσες διατάξεις που εξακολουθούν να ισχύουν μεταβατικά αποκλειστικά και μόνο για την ολοκλήρωση της φοίτησης των φοιτητών που έχουν ήδη εγγραφεί ή εγγράφονται το ακαδημαϊκό έτος 2017-2018
Σε περίπτωση τροποποίησης / αντικατάστασης ΠΜΣ ιδρυθέντος ή επανιδρυθέντος, η διαδικασία που ακολουθείται είναι ίδια με αυτή της ίδρυσης, όπως αυτή ορίζεται στονέο νόμο. Διευκρινίζεται ότι σε περίπτωση που με την απόφαση τροποποίησης / αντικατάστασης δεν επιφέρονται αλλαγές σε θέματα για τα οποία ο Υπουργός έχει δικαίωμα αναπομπής της απόφασης στη Σύγκλητο, εξακολουθεί να υφίσταται υποχρέωση κοινοποίησης σε αυτόν της τροποποιητικής απόφασης πριν τη δημοσίευσή της στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως.
Επίσης καθορίζεται με την εγκύκλιο ότι ο Κανονισμός Μεταπτυχιακών Σπουδών καταρτίζεται σε επίπεδο ΠΜΣ και ο Κανονισμός Διδακτορικών Σπουδών σε επίπεδο Τμήματος. Περαιτέρω προβλέπεται ότι τα ΑΕΙ οφείλουν μέσα σε προθεσμία έξι (6) μηνών από την έναρξη ισχύος του παρόντος νόμου ….να καταρτίσουν και να δημοσιεύσουν τους Κανονισμούς . Παράλληλα διευκρινίζεται ότι η προθεσμία των έξι (6) μηνών αφορά μόνο στα ΠΜΣ που θα ιδρυθούν το ακαδημαϊκό έτος 2017- 2018. Όσον αφορά στην έκδοση Κανονισμών Διδακτορικών Σπουδών, μέχρι να εκπνεύσει η προθεσμία των έξι (6) μηνών, μπορεί να γίνεται χρήση των παλαιών διατάξεων και κανονισμών, εφόσον δεν έχουν εκδοθεί νέοι.
Για τη συγκρότηση της Τριμελούς Συμβουλευτικής Επιτροπής σε περίπτωση συνεπίβλεψης διδακτορικής διατριβής ισχύουν τα ακόλουθα:
Πλέον στην Τριμελή Συμβουλευτική Επιτροπή μετέχει ο επιβλέπων και δύο ακόμη μέλη. Επομένως, στην περίπτωση συνεπίβλεψης συμμετέχουν οι δύο επιβλέποντες και ένα μέλος που έχει μία από τις ιδιότητες που προβλέπονται.
Για την εφαρμογή της πρόβλεψης, αναφορικά με τη δυνατότητα ενός μέλους ΔΕΠ να οριστεί Διευθυντής ΠΜΣ για μέχρι δύο (2) συνεχόμενες θητείες, διευκρινίζεται ότι δεν λαμβάνονται υπόψη προγενέστερες της ισχύος του ν. 4485/17 θητείες στη θέση αυτή.
Επίσης προκύπτει ότι τα μέλη της Σ.Ε. εκλέγονται από τη Συνέλευση Τμήματος για διετή θητεία. Από τα εκλεγμένα αυτά μέλη η Συνέλευση Τμήματος ορίζει τον Δ/ντη Π.Μ.Σ., ο οποίος και προεδρεύει στη Σ.Ε., και τον αναπληρωτή του.
Από τη γραμματική διατύπωση της παρ. 3 του άρθρου 36 του ν. 4485/2017 («Προϋπόθεση για την αμοιβή μέλους Δ.Ε.Π. …») προκύπτει αβίαστα ότι ο όρος που τίθεται αποτελεί προϋπόθεση για την αμοιβή και όχι για τη διδασκαλία. Ως προς την άρση της υποχρέωσης παροχής δωρεάν διδασκαλίας για τα μέλη Δ.Ε.Π. που έχουν νόμιμες υποχρεώσεις 10 τουλάχιστον ωρών εβδομαδιαίας διδακτικής απασχόλησης, αυτή εφαρμόζεται επί τη βάσει ακαδημαϊκού έτους. Επομένως, ο μέσος όρος εβδομαδιαίας απασχόλησης των δύο ακαδημαϊκών εξαμήνων του έτους πρέπει να είναι τουλάχιστον 10 ώρες.
Έως τη λήξη της θητείας τους, οι Αναπληρωτές Πρυτάνεις, ως μη εκλεγμένα όργανα δεν μετέχουν με δικαίωμα ψήφου στα όργανα διοίκησης των Α.Ε.Ι.. Επομένως, έως την ανάδειξη Αντιπρυτάνεων με εκλογική διαδικασία, το Πρυτανικό Συμβούλιο δεν συγκροτείται, άρα δεν λειτουργεί ως όργανο των Α.Ε.Ι.. Τις αρμοδιότητες αυτού ασκεί ο Πρύτανης, ο οποίος λαμβάνει συγκεκριμένα μέτρα για την αντιμετώπιση επειγόντων ζητημάτων, όταν τα αρμόδια όργανα διοίκησης του Ιδρύματος αδυνατούν να λειτουργήσουν και να λάβουν αποφάσεις.