Αντικείμενο του Φαρμακείου του ΕΟΠΥΥ είναι η χορήγηση φαρμάκων υψηλού κόστους όπως ορίζει η Νομοθεσία, φαρμάκων που δεσμεύονται με αποφάσεις του Οργανισμού καθώς και φαρμάκων των οποίων η χορήγηση μέσω Νοσοκομείων ή Φαρμακείων Ιδιωτικών Κλινικών δεν μπορεί να υλοποιηθεί, σύμφωνα με την ισχύουσα Νομοθεσία. Επίσης τα Φαρμακεία του Οργανισμού δύνανται να παρέχουν λοιπά δόκιμα θεραπευτικά μέσα και υγειονομικό και φαρμακευτικό υλικό, αποκλειστικά στους ασφαλισμένους και όσους κάθε φορά προβλέπει η ισχύουσα νομοθεσία.
Το Φαρμακείο του ΕΟΠΥΥ λειτουργεί ως ειδική υπηρεσία του Οργανισμού επιπέδου Τμήματος στην έδρα κάθε ΠΕ.ΔΙ. Τα φαρμακεία, πλην όσων έχουν μεταφερθεί στον ΕΟΠΥΥ από το ΙΚΑ ΕΤΑΜ ή έχουν λειτουργήσει έως την έκδοση του παρόντος, ιδρύονται με απόφαση του Διοικητικού Συμβουλίου του ΕΟΠΥΥ μετά από εισήγηση της Διεύθυνσης Φαρμάκου, σύμφωνα με τα οριζόμενα στον ΕΚΠΥ. Για τη λειτουργία του χρησιμοποιείται εξειδικευμένο επιστημονικό προσωπικό, δηλαδή φαρμακοποιοί, βοηθοί/υπάλληλοι φαρμακείου & λοιπό βοηθητικό διοικητικό προσωπικό.
Παράλληλα, χορηγεί τα φάρμακα με ατομική συνταγή η οποία συνοδεύεται από τα απαιτούμενα δικαιολογητικά και με προσκόμιση του βιβλιαρίου του ασφαλισμένου προς έλεγχο και ενημέρωση της ακολουθούμενης αγωγής. Οι συνταγές εκτελούνται όπως ορίζει κάθε φορά η ισχύουσα νομοθεσία. Τα φάρμακα τα οποία απαιτούν ηλεκτρονική προέγκριση από τις Επιτροπές Φαρμάκων Υψηλού Κόστους (ΣΗΠ), εκτελούνται εντός πέντε εργασίμων (5) ημερών από την ημερομηνία γνωστοποίησης της έγκρισης του αρμοδίου Οργάνου. Οι συνταγές που εκτελούν τα Φαρμακεία που διενεργούν αποστολές, για τις περιοχές που αποστέλλουν φάρμακα, θα πρέπει να εκτελούνται εντός δέκα (10) ημερών από τη διαβίβαση τους στο αρμόδιο Φαρμακείο και όχι περισσότερο από δεκαπέντε (15) ημέρες από την κατάθεση της συνταγής στο Φαρμακείο του ΕΟΠΥΥ της περιοχής του ασθενή. Οι συνταγές φαρμάκων εξωτερικού εκτελούνται μόλις τα σκευάσματα εισαχθούν μέσω ΙΦΕΤ. Σε ειδικές περιπτώσεις εξατομικευμένων περιστατικών και για ειδικούς λόγους (όπως για παράδειγμα συνταγές ναυτικών), κατόπιν έγκρισης της Διοίκησης του Οργανισμού, δύναται να γίνει άπαξ εκτέλεση όλων των φύλλων επαναλαμβανόμενης συνταγής, τρίμηνης ή εξάμηνης.
