Ο ΙΣΑ έχει δεχθεί για αυτή την κατάσταση καταγγελίες τόσο από κάτοικους του νησιού όσο και από παραθεριστές από την Αθήνα που επισκέφτηκαν το νησί.
Το νοσοκομείο λειτουργεί στην πραγματικότητα ως… Κέντρο Υγείας, παρά το γεγονός ότι έχει κοστίσει στο ελληνικό κράτος εκατομμύρια ευρώ. Μέχρι σήμερα παρουσιάζει σημαντικές ελλείψεις σε υποδομές και προσωπικό, με αποτέλεσμα να μην μπορούν να πραγματοποιηθούν ακόμα και βασικές βιοχημικές εξετάσεις. Ενώ το μοναδικό χειρουργείο που έχει γίνει στο νοσοκομείο είναι η αιμορροϊδεκτομή που έκανε ο αναπληρωτής υπουργός Υγείας Π. Πολάκης.
Το αποτέλεσμα είναι ότι σχεδόν καθημερινά προκύπτει ανάγκη να πραγματοποιηθούν διακομιδές ασθενών, σε νοσοκομεία της Κρήτης και της Αττικής, γεγονός που συνεπάγεται τεράστια οικονομική επιβάρυνση. Μάλιστα πολλοί ασθενείς είναι αλλοδαποί τουρίστες, για τους οποίους τις περισσότερες φορές, δεν κινούνται οι διαδικασίες ώστε να επιβαρυνθεί το κόστος ο ασφαλιστικός φορέας τους, με αποτέλεσμα να επιβαρύνεται το ελληνικό δημόσιο.
Σχολιάζοντας το θέμα ο πρόεδρος του ΙΣΑ Γ. Πατούλης, επισημαίνει τα εξής:
«Σε μια τόσο δύσκολη περίοδο για το Εθνικό Σύστημα Υγείας, το υπουργείο Υγείας δεν μπορεί να οργανώσει ένα αξιόπιστο σύστημα και να αξιοποιήσει στοιχειωδώς τις υπάρχουσες δομές. Το νοσοκομείο της Σαντορίνης εγκαινιάστηκε εσπευσμένα για λόγους αποκλειστικά επικοινωνιακούς χωρίς να έχει εκπονηθεί ένα πλαίσιο ασφαλούς λειτουργίας του και έτσι σήμερα υπολειτουργεί κοστίζοντας χιλιάδες ευρώ στο κράτος. Οι νησιώτες μας έχουν ανάγκη από πολιτικές υγείας που έχουν ουσία και λύνουν προβλήματα και όχι από επικοινωνιακές φιέστες».
