Σημαντική προτεραιότητα του υπουργείου αποτελεί η παρακολούθηση της ποιότητας των υδάτων κολύμβησης. Οι υπηρεσίες του ΥΠΑΠΕΝ παρακολουθούν την ποιότητα των υδάτων κολύμβησης, σε πλήρη συμμόρφωση με την Οδηγία 2006/7/ΕΚ, όπως έχει ενσωματωθεί στην εθνική νομοθεσία με τη σχετική Κοινή Υπουργική Απόφαση.
Το υπουργείο υποστηρίζει το θεσμό της «Γαλάζιας Σημαίας» παρέχοντας στοιχεία για την ποιότητα των υδάτων μέσω του εκτεταμένου προγράμματος παρακολούθησης που βρίσκεται σε πλήρη εξέλιξη. Τα στοιχεία που παρέχει το πρόγραμμα παρακολούθησης των υδάτων κολύμβησης που βασίζονται στην παραπάνω οδηγία, λαμβάνουν υπόψη αποτελέσματα δειγματοληψιών των τελευταίων τεσσάρων ετών κατά την κολυμβητική περίοδο αλλά και πριν την έναρξή της. Τα δεδομένα αυτά αποτελούν μέρος της αξιολόγησης από την Ελληνική Εταιρεία Προστασίας της Φύσης προκειμένου να δοθεί η «Γαλάζια Σημαία».
Όσον αφορά την παραχώρηση των παραλιών από τους ΟΤΑ για φέτος το καλοκαίρι, αυτή θα γίνει με βάση το υφιστάμενο νομοθετικό πλαίσιο και τη νέα Κοινή Υπουργική Απόφαση.
