Σύμφωνα με το θρησκευτικό έθιμο οι πιστοί, ορθόδοξοι και καθολικοί συγκεντρώνονται στο προαύλιο του Ιερού Ναού και μετά το πέρας της Λειτουργίας για τη γιορτή του Αγίου Φραγκίσκου, προστάτη των ζώων, ο Καθολικός Αρχιεπίσκοπος Κερκύρας, Ζακύνθου και Κεφαλληνίας και Αποστολικός Διαχειριστής του Αποστολικού Βικαριάτου Θεσσαλονίκης, Ιωάννης Σπιτέρης, ευλογεί τα μικρά τετράποδα, που για τους περισσοτέρους είναι μέλη οικογενείας.
Το έθιμο της ευλογίας των ζώων, χάνεται στα βάθη των χρόνων, ενώ γίνεται κάθε 4 Οκτωβρίου, ημέρα γιορτής του Αγίου Φραγκίσκου της Ασίζης, Αγίου της Καθολικής Εκκλησίας, η οποία τον ανακήρυξε ως προστάτη των ζώων και του περιβάλλοντος και έχει καθιερωθεί και ως Παγκόσμια Ημέρα των Ζώων.
Ο Ιερός Ναός Αγίου Φραγκίσκου της Ασίζης, στην Κέρκυρα είναι μία από τις ιστορικότερες και αρχαιότερες εκκλησίες του νησιού. Εικάζεται πως το αρχαιότερο μέρος της αφιερωμένο στον Άγιο Άγγελο, είχε κτισθεί και παραχωρηθεί σε μία κοινότητα Ελληνίδων μοναχών τα χρόνια των Δεσποτών της Ηπείρου, Αγγέλων Κομνηνών.
Ο ακριβής χρόνος ίδρυσης του ναού παραμένει άγνωστος. Την 20η Μαΐου 1367 παραχωρείται στο Τάγμα των Κοινοβιακών μοναχών του Αγίου Φραγκίσκου οι οποίοι θα το μετατρέψουν σε αξιόλογο για την εποχή θρησκευτικό κέντρο.
Την 20η Μαΐου 1386 η κερκυραϊκή κοινότητα θα προσφέρει μέσα στο ναό στο βενετό ναύαρχο Giovanni Miani τα κλειδιά της πόλης, διομολογώντας του την αφοσίωση των κατοίκων του νησιού προς την Γαληνοτάτη Δημοκρατία του Αγίου Μάρκου.
Ο ναός που ανήκει στον ρυθμό της μονόκλιτης βασιλικής και χαρακτηρίζεται από το ρωμανικό κωδωνοστάσιο ανακαινίσθηκε και καθαγιάστηκε την 17η Σεπτεμβρίου 1621 από τον Αρχιεπίσκοπο Benedetto Bragadino.
Το κεντρικό βήμα είναι αφιερωμένο στον 'Αγιο Φραγκίσκο και τα υπόλοιπα στην Αγία Βαρβάρα, στον Άγιο Αντώνιο της Παδούας, στην Υπεραγία Θεοτόκο και στον 'Αγιο Ρόκκο η εικόνα του οποίου μεταφέρθηκε από την ομώνυμη εκκλησία στη περιοχή Σαρρόκο Κέρκυρας.
Δίπλα από το ναό υπάρχει ένα ακόμα παρεκκλήσι ανακαινισμένο από τα βρετανικά στρατεύματα το 1850, αφιερωμένο στην Αγία Άννα. Ο ναός τιμάται την 4η Οκτωβρίου ημέρα μνήμης του Αγίου Φραγκίσκου, προστάτη των ζώων στα οποία δίνεται κάθε χρόνο μία ειδική ευλογία και πανηγυρίζει τη 13η Ιουνίου, εορτή του Αγίου Αντωνίου της Παδούας
