Συγκεκριμένα ο νέος οργανισμός στο πρώτο του άρθρο μεταβάλει την αποστολή του υπουργείου Παιδείας σε σχέση με το προγενέστερο καθεστώς, στο θέμα της ανάπτυξης της θρησκευτικής συνείδησης, όπως επισημαίνει η Εκκλησία της Ελλάδος.
Στην αίτηση ακύρωσης η Εκκλησία της Ελλάδος υποστηρίζει ότι είναι η επίδικη απάλειψη είναι αντίθετη στο άρθρο 16 του Συντάγματος .
Η Εκκλησία της Ελλάδος αναφέρει ότι το υπουργείο Παιδείας αφαιρεί τη θρησκευτική αγωγή των νέων από την αποστολή του υπουργείου, τη στιγμή μάλιστα που σύμφωνα με το Σύνταγμα η «κρατική αποστολή της θρησκευτικής εκπαίδευσης των νέων αφορά σε μείζονα βαθμό τα μέλη της Εκκλησίας της Ελλάδος».
