Τα τελευταία χρόνια αντιμετώπιζε πολλά προβλήματα υγείας.
Οι ταινίες του βρίσκονται σήμερα σε κινηματογραφικά μουσεία και ταινιοθήκες της Ευρώπης και της Αμερικής, ενώ ο ίδιος εκτιμήθηκε διεθνώς από ανθρώπους των Γραμμάτων και των Τεχνών.
Με την νεορεαλιστική ματιά του και με ποιητική ενατένιση, όπως στην ταινία που τον καθιέρωσε «Ο Δράκος» (1956), ταινία που κατατάσσεται στην δεκάδα με τις καλύτερες του ελληνικού κινηματογράφου, αλλά και στην πρώτη του ταινία «Μαγική πόλις» (1954).
Ακολούθησαν «Οι παράνομοι» (1958), «Το ποτάμι» (1959), οι πολυβραβευμένες «Μικρές Αφροδίτες» (1963), το Vortex (σε μια πρώτη μορφή, με τον τίτλο «Το πρόσωπο της Μέδουσας», προβλήθηκε στο Φεστιβάλ Βερολίνου το 1967).
Στη Μεταπολίτευση προβλήθηκαν «Τα τραγούδια της φωτιάς» (1974), γύρισε το «1922» (ταινία του 1978), «Μπορντέλο»(1984), «Μπάιρον- Μπαλάντα για ένα δαίμονα» (1991) κά.
Ο Νίκος Κούνδουρος γεννήθηκε στην Αθήνα, αλλά οι γονείς του, Κρητικοί από ατελείωτες γενιές, δεν ανέχονταν να πολιτογραφηθεί Αθηναίος. Τον μετέφεραν στην Κρήτη, τυλιγμένο σε μία πάνα, ώστε να γραφτεί στα δημοτολόγια του Αγίου Νικολάου, στις 15 Δεκεμβρίου του 1926. Ο πατέρας του ήταν ο δικηγόρος και πολιτικός Ιωσήφ Κούνδουρος.
Ο Νίκος Κούνδουρος σπούδασε ζωγραφική και γλυπτική στην Ανωτάτη Σχολή Καλών Τεχνών της Αθήνας από την οποία αποφοίτησε το 1948. Στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο εντάχθηκε στις γραμμές του ΕΑΜ-ΕΛΑΣ και μετά τον πόλεμο εξορίστηκε στη Μακρόνησο, λόγω των αριστερών φρονημάτων του. Στα 28 του χρόνια αποφάσισε να ασχοληθεί με τον κινηματογράφο. Ξεκίνησε τη σταδιοδρομία του ως σκηνοθέτης με την ταινία «Μαγική πόλις» (1954).
Η Εταιρεία Ελλήνων Σκηνοθετών αποχαιρετά με ανακοίνωση της «τον τελευταίο μεγάλο των πρωτεργατών του ελληνικού Κινηματογράφου και του ελληνικού Πολιτισμού» όπως τον χαρακτηρίζει. «Άνοιξε δρόμους στο εξωτερικό για τον ελληνικό κινηματογράφο, στήριξε με πάθος τους νέους ανθρώπους και υπήρξε ο δημιουργός του σωματείου μας, Εταιρεία Ελλήνων Σκηνοθετών. Ο Νίκος Κούνδουρος υπήρξε εγγύηση για την ταυτότητα της Ελλάδας».
