Το Εθνικό Συμβούλιο, πρόεδρος του οποίου ορίστηκε ο γενικός γραμματέας του υπουργείου Μόσχος Κορασίδης, απαρτίζεται από 13 μέλη και η θητεία του είναι διετής. Σε αυτό συμμετέχουν εκπρόσωποι της επιστημονικής κοινότητας, καταναλωτικών και περιβαλλοντικών οργανώσεων, φορέων του κλάδου αλλά και υπηρεσιακοί παράγοντες.
Όπως προβλέπεται, το Εθνικό Συμβούλιο Υδατοκαλλιεργειών θα γνωμοδοτεί στον υπουργό για τη διαμόρφωση και εφαρμογή του Εθνικού Προγράμματος Ανάπτυξης Υδατοκαλλιεργειών και για τις θεσμικές μεταρρυθμίσεις, που απαιτούνται για την υποστήριξη της στρατηγικής ανάπτυξης του τομέα, μέσω αναπτυξιακών - χρηματοδοτικών προγραμμάτων.
