Η Γενική Γραμματεία θα εποπτεύει και θα συντονίζει τη δράση των υπουργείων Εσωτερικών, ΥΠΕΚΑ, Ανάπτυξης και Ανταγωνιστικότητας στον τομέα της διαχείρισης των αποβλήτων.
Θα συγκαλεί συσκέψεις συντονισμού με εκπροσώπους των φορέων της κεντρικής διοίκησης και θα συγκροτεί ομάδες εργασίας με τη συμμετοχή εκπροσώπων όλων των συναρμόδιων Υπουργείων και Φορέων.
Θα προάγει την εθνική στρατηγική στον τομέα της διαχείρισης των αποβλήτων και θα μεριμνά για την τήρηση των κανόνων και αρχών της ευρωπαϊκής και εθνικής περιβαλλοντικής νομοθεσίας περί δημοσίων συμβάσεων. Συγχρόνως θα παρακολουθεί και θα αξιολογεί την αποδοτικότητα των δράσεων των φορέων στον τομέα της διαχείρισης των αποβλήτων.
Θα ασκεί δειγματοληπτικούς ελέγχους, αναζητώντας αυτεπαγγέλτως πληροφορίες και στοιχεία σχετικά με τις εν εξελίξει διαδικασίες εκπόνησης μελετών, εκτέλεσης έργων και υπηρεσιών. Οι αρμόδιοι δημόσιοι και ιδιωτικοί φορείς θα οφείλουν να συνεργάζονται με την Γ.Γ.Σ.Δ.Α., να παρέχουν σε αυτήν κάθε αναγκαία ή απαραίτητη σχετική πληροφορία και να συμμορφώνονται με τις υποδείξεις της.
Στο πλαίσιο των αρμοδιοτήτων της θα είναι και η διευκόλυνση- υποστήριξη των δημόσιων και ιδιωτικών Φορέων στο πλαίσιο των διαδικασιών αδειοδότησης. Θα παρακολουθεί την υλοποίηση των έργων διαχείρισης αποβλήτων και την απορροφητικότητα των χρηματοδοτούμενων έργων. Θα συντάσσει ετήσια έκθεση, την οποία θα παρουσιάζει στην αρμόδια Επιτροπή Περιβάλλοντος της Βουλής.
Για τη λειτουργία της Γενικής Γραμματείας προβλέπεται η σύσταση μίας θέσης μετακλητού γενικού γραμματέα, προϊσταμένου της Γενικής Γραμματείας. Η θέση θα καλύπτεται με διορισμό ή ανάθεση καθηκόντων με απόφαση του πρωθυπουργού. Επίσης προβλέπεται μία θέση ειδικού συμβούλου, μία θέση ειδικού συνεργάτη και τρεις θέσεις διοικητικών υπαλλήλων.
