Ο Σταύρος Θωμαδάκης είναι πτυχιούχος του τμήματος Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών και υπηρετεί στο υπουργείο Οικονομικών από το 1984. Έχει υπηρετήσει σε διάφορες υπηρεσίες του υπουργείου, μεταξύ των οποίων η Κ.Υ. (Κ.Β.Σ. περίπου πέντε έτη) και η ΥΠ.Ε.Δ.Α.. Από τον Νοέμβριο 1996, συμμετείχε στην ομάδα δημιουργίας του ΣΔΟΕ, στο οποίο και υπηρέτησε από την έναρξη λειτουργίας του, τον Απρίλιο 1997 έως και τον Απρίλιο 2012, που μετατάχθηκε από τον κλάδο των εφοριακών στον κλάδο των Οικονομικών Επιθεωρητών.
Στην Οικονομική Επιθεώρηση τοποθετήθηκε αρχικά στη Διεύθυνση Οικονομικής Επιθεώρησης Αθηνών και, τον Φεβρουάριο 2013, μετακινήθηκε στη Διεύθυνση Επιθεώρησης Υπηρεσιών. Από τον Μάιο 2014, ημερομηνία έναρξης λειτουργίας της Υπηρεσίας Ερευνών και Διασφάλισης Δημοσίων Εσόδων (Υ.Ε.Δ.Δ.Ε.), έως και τον Δεκέμβριο 2016, εκτελούσε χρέη αναπληρωτή προϊσταμένου Διεύθυνσης και, στη συνέχεια, τοποθετήθηκε προϊστάμενος Διεύθυνσης της υπηρεσίας. Έχει συμμετάσχει σε μεγάλο αριθμό συμβουλίων, επιτροπών και ομάδων εργασίας, σε θέματα καταπολέμησης φοροδιαφυγής και φοροαποφυγής.
