Επίσης, στην ίδια απόφαση ορίζεται το ποσοστό των διενεργούμενων φορολογικών ελέγχων που αφορούν την τελευταία πενταετία ,συμπεριλαμβανομένου του έτους έκδοσης της απόφασης ελέγχου.
Σύμφωνα με την τροπολογία η επιλογή των υποθέσεων που ελέγχονται κατά προτεραιότητα γίνεται με αποφάσεις του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων με βάση κριτήρια ανάλυσης κινδύνου ή, εξαιρετικά, με βάση άλλα κριτήρια, τα οποία καθορίζονται από το Γενικό Γραμματέα, και δεν δημοσιοποιούνται.
Με απόφαση του Γενικού Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων, η οποία εκδίδεται έως το τέλος Δεκεμβρίου κάθε έτους και μπορεί να τροποποιηθεί οποτεδήποτε, καθορίζεται ο αριθμός των μερικών ή και πλήρων ελέγχων που θα διενεργούνται εντός του επόμενου έτους κατά προτεραιότητα, με βάση κριτήρια ανάλυσης κινδύνου ή, εξαιρετικά, με βάση άλλα κριτήρια, σύμφωνα με την προηγούμενη περίπτωση, λαμβανομένου υπόψη του αριθμού των ελεγκτών κατά το χρόνο έκδοσης της απόφασης και του αριθμού των διενεργηθέντων ελέγχων κατά τους προηγούμενους δώδεκα μήνες από το μήνα έκδοσης της απόφασης. Στην απόφαση ορίζεται, επίσης, το ποσοστό των ελέγχων για φορολογικά έτη, χρήσεις, υποθέσεις, περιόδους ή υποχρεώσεις που αφορούν την τελευταία πενταετία, συμπεριλαμβανομένου και του έτους έκδοσης της απόφασης, το οποίο δεν μπορεί να υπολείπεται του ποσοστού 70% του συνόλου των κατά προτεραιότητα ελεγχόμενων υποθέσεων, καθώς και κάθε άλλο αναγκαίο θέμα. Ειδικά για το έτος 2016 το ανωτέρω ποσοστό ορίζεται σε 50% και για το έτος 2017 σε 60%.»
Με την προτεινόμενη ρύθμιση παρέχεται εξουσιοδότηση στο Γενικό Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων, η οποία εκδίδεται έως το τέλος κάθε έτους και τροποποιείται οποτεδήποτε, να καθορίζει, με απόφασή του, τον αριθμό των υποθέσεων που θα ελεγχθούν το αμέσως επόμενο έτος, λαμβάνοντας υπόψη αντικειμενικά κριτήρια όσον αφορά στη δυνατότητα ελέγχου του ως άνω αριθμού των υποθέσεων. Επίσης,
παρέχεται εξουσιοδότηση στο Γενικό Γραμματέα Δημοσίων Εσόδων για τον καθορισμό των κριτηρίων για την επιλογή των προς έλεγχο υποθέσεων.
