Η απαλλαγή από τον Ειδικό Φόρο Ακινήτων για ακίνητα που ανήκουν σε εταιρείες προϋποθέτει την πλήρη γνωστοποίηση των πραγματικών δικαιούχων και τελικών φυσικών προσώπων που ελέγχουν την εταιρική δομή. Η φορολογική διοίκηση δίνει ιδιαίτερη έμφαση στη διαφάνεια της μετοχικής σύνθεσης, επισημαίνοντας ότι δεν αρκεί η αναφορά ενδιάμεσων εταιρειών ή εμπιστευματοδόχων, αλλά απαιτείται η αποκάλυψη των φυσικών προσώπων που βρίσκονται στο τελικό επίπεδο ιδιοκτησίας.
Σε περιπτώσεις όπου δεν υποβάλλονται πλήρεις δηλώσεις Ειδικού Φόρου Ακινήτων ή δεν δηλώνονται επαρκώς οι πραγματικοί κύριοι της εταιρείας, ενεργοποιείται η δεκαπενταετής προθεσμία παραγραφής για τον καταλογισμό φόρου από το Δημόσιο. Η ρύθμιση αυτή αφορά κυρίως εταιρικά σχήματα με πολυεπίπεδη ή διασυνοριακή μετοχική σύνθεση, τα οποία συχνά χρησιμοποιούνται για την κατοχή ακινήτων στην Ελλάδα.
Χαρακτηριστικό παράδειγμα αποτελεί αλλοδαπή εταιρεία που κατέχει ακίνητο μέσω θυγατρικών εταιρειών χωρίς να αποκαλύπτει τα φυσικά πρόσωπα που βρίσκονται πίσω από τη δομή. Στην περίπτωση αυτή, η φορολογική απαλλαγή δεν αναγνωρίζεται και οι αρχές μπορούν να προχωρήσουν σε αναδρομικό έλεγχο και καταλογισμό φόρου.
Αντίστοιχα, εταιρεία που δηλώνει μόνο trustee ή nominee shareholders χωρίς να γνωστοποιεί τους πραγματικούς επενδυτές θεωρείται ότι δεν πληροί τις προϋποθέσεις διαφάνειας που απαιτεί η νομοθεσία.
Σε άλλη περίπτωση, ελληνική εταιρεία συμμετοχών που διαθέτει ακίνητα μέσω αλυσίδας offshore εταιρειών αλλά δεν προσκομίζει στοιχεία για τους τελικούς μετόχους κινδυνεύει με απώλεια της απαλλαγής και επιβολή πρόσθετων φορολογικών επιβαρύνσεων.
Παράδειγμα εφαρμογής των ίδιων κανόνων αποτελεί και αλλοδαπό επενδυτικό σχήμα που επικαλείται προστασία από το ευρωπαϊκό δίκαιο, υποστηρίζοντας ότι η υποχρέωση αποκάλυψης των φυσικών προσώπων παραβιάζει την ελεύθερη κίνηση κεφαλαίων. Ωστόσο, η φορολογική μεταχείριση παραμένει ενιαία για ημεδαπές και αλλοδαπές εταιρείες.
Τέλος, εταιρεία που υποβάλλει ελλιπή δήλωση ΕΦΑ και αποκαλύπτει τους πραγματικούς δικαιούχους μόνο μετά την έναρξη φορολογικού ελέγχου ενδέχεται να βρεθεί αντιμέτωπη με αναδρομική φορολόγηση πολλών ετών, καθώς οι φορολογικές αρχές διατηρούν δικαίωμα ελέγχου για μεγάλο χρονικό διάστημα όταν διαπιστώνεται μη πλήρης συμμόρφωση.
