Το αξιοπερίεργο είναι ότι τα έσοδα αυτά θα προκύψουν απευθείας από τις εταιρίες ή τους γιατρούς που θα ελεγχθούν. Άρα, για να πάρει ένα διαγνωστικό κέντρο ή ένας ιδιώτης γιατρός τα χρήματα που του οφείλονται από τον ΕΟΠΥΥ, θα πρέπει να ελεγχθεί από κάποια ΙΕΕ και ταυτόχρονα να την πληρώσει για τις υπηρεσίες της. Κατά της συγκεκριμένης απόφασης έχουν ταχθεί επίσημα σχεδόν το σύνολο των Ιατρικών Συλλόγων της χώρας, ενώ ειδικά ο Ιατρικός Σύλλογος Θεσπρωτίας έχει προχωρήσει σε ενημέρωση και της Οικονομικής Εισαγγελίας για τα περαιτέρω.
Την ίδια στιγμή, η διοίκηση του ΕΟΠΥΥ έχει επιλέξει πέντε ελεγκτικές εταιρίες, παρά το γεγονός ότι υπάρχουν καταγγελίες για παρασκηνιακή συνεργασία συμβούλων του υπουργού με κάποιες από αυτές. Στην υπόθεση έχουν εμπλακεί σύζυγοι στενών συνεργατών του υπουργείου Υγείας, που φαίνεται να έχουν συγκεκριμένες θέσεις σε κάποιες από τις ελεγκτικές εταιρίες. Επίσης, προκαλεί εντύπωση το γεγονός ότι ο ΕΟΠΥΥ έσπευσε να παραχωρήσει στις ελεγκτικές εταιρίες που έχει επιλέξει, κτίριο του ΕΤΑΠ – ΜΜΕ που βρίσκεται στην Πεύκη, για να διεκπεραιώνουν τις υποθέσεις τους. Οι ΙΕΕ αξιοποιούν τους χώρους του συγκεκριμένου κτιρίου, χωρίς να καταβάλλουν μίσθωμα, ενώ ακόμα και τα όποια έξοδα συντήρησης επιβαρύνουν τον ΕΟΠΥΥ. Επίσης, υπάρχουν καταγγελίες από μέλη του δσ του Οργανισμού ότι οι επίμαχες υπουργικές αποφάσεις, σύμφωνα με τις οποίες δόθηκε το ελεγκτικό τμήμα του ΕΟΠΥΥ σε ΙΕΕ, δεν πέρασαν ποτέ από επίσημο δσ, γι' αυτό άλλωστε δεν υπάρχουν οι σχετικές συζητήσεις στα επίσημα πρακτικά του.
Ακόμα και έτσι όμως, οι ΙΕΕ δεν έχουν καταφέρει να επιταχύνουν τη διαδικασία ολοκλήρωσης των ελέγχων έτσι ώστε να δοθούν τα απαραίτητα κονδύλια στους παρόχους. Σχεδόν εννέα μήνες μετά την ανάληψη των καθηκόντων τους, ακόμα δεν έχουν πραγματοποιήσει τις εκκαθαρίσεις που όφειλαν. Υπάρχουν επίσης καταγγελίες που έχουν γίνει στην οικονομική εισαγγελία για κλινικό έλεγχο που γίνεται χωρίς την παρουσία γιατρών, γεγονός που επίσης υποβαθμίζει το τελικό αποτέλεσμα των ελέγχων.
Δεν είναι τυχαίο το γεγονός ότι ο Πανελλήνιος Σύλλογος Φυσιοθεραπευτών κάλεσε τα μέλη του να αρνηθούν να συμβληθούν με τις ΙΕΕ, ενώ ο Ιατρικός Σύλλογος Θεσσαλονίκης κάνει λόγο για «εναρμονισμένη πρακτική» και για κίνδυνο δημιουργίας «ολιγοπωλιακής καταστάσεως». Ο λόγος είναι ότι οι ΙΕΕ απαιτούν από τους ελεγχόμενους ποσοστό έως 3% επί του ποσού που θα λάβουν οι πάροχοι.
